O objetivo deste trabalho foi realizar o estudo comparativo entre os métodos ICPO e TTPA, para avaliar a eficácia da implantação do TTPA como método para a avaliação da segurança e eficácia de heparinas não fracionadas em produtos farmacêuticos. Foram avaliados, comparativamente, cinco lotes de diferentes fabricantes de heparinas não fracionadas (polissacarídeo sulfatado usado como droga anticoagulante), de origem suína ou bovina, testadas com base no 5º Padrão Internacional de Heparina. Esses produtos foram provenientes de coletas efetuadas pelas autoridades sanitárias para análise no Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde (INCQS). As amostras foram analisadas quanto à pureza e potência anticoagulante, por meio de duas metodologias: inibição da coagulação do plasma ovino (ICPO) e tempo de trombo plastina parcial ativada (TTPA). Houve boa concordância entre as duas metodologias, sendo que a técnica TTPA apresentou ser mais simples, rápida e objetiva, quando da utilização do coagulômetro para a medição do tempo de formação de coágulos, em detrimento da leitura subjetiva dos graus de coagulação no ensaio de ICPO. A implantação e a execução do TTPA em paralelo à utilização do ICPO garantirão o aumento de sensibilidade técnica na avaliação da segurança e eficácia de heparinas não fracionadas.The aim of this study was to compare the methods of SPCIA and APTT to evaluate the effectiveness of the implementation of APTT as a method for assessing the safety and efficacy of unfractionated heparins in pharmaceuticals. Five lots of non-fractionated heparins (a sulfated polysaccharide used as anticoagulant) from porcine or bovine origin, and from different producers were comparatively evaluated. They were tested based on the 5th International Standard for Heparin, and they were collected by the Brazilian sanitary authorities for evaluating their purity and anticoagulant potency at the National Institute for Quality Control in Health (INCQS). Two methodologies were employed: sheep plasma coagulation inhibition assay (SPCIA) and activated partial thromboplastin time technique (APTT). An excellent correlation between the both methodologies was found, and it showed that technique is easier, faster and objective due to the use of a coagulometer for measuring the clot-forming time, instead of SPCIA assay which uses the subjective visual determination of the coagulation degree. The implementation and execution of APTT technique and the concomitant use of SPCIA assay will improve the technique sensitivity for assessing the non-fractionated heparins safety and efficacy.