Este artigo tem por objetivo apresentar limitações do sistema de vigilância da Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA) executado no âmbito do Ministério da Saúde em áreas indígenas, a partir do relato de experiência de técnicos e colaboradores que atuaram na vigilância da doença na Terra Indígena Wajãpi entre 2012 e 2015. O estudo compara as abordagens padrão preconizadas pelo Ministério da Saúde com abordagens alternativas entre três componentes principais: captação de casos e diagnóstico, tratamento e análise epidemiológica. Neste último componente, foram comparados métodos que se relacionam a análise de locais prováveis de infecção, entomologia e estudo de hospedeiros vertebrados. A comparação demonstrou que abordagens de cunho qualitativo e o conhecimento sobre padrões e especidades culturais do grupo indígena incrementaram a aceitabilidade do serviço de saúde. Abordagens integrativas como oficinas comunitárias, e, participativas que envolviam membros da comunidade como agentes de notificação e ação dentro do serviço, mostraram-se importantes alternativas para aperfeiçoamento da sensibilidade e representatividade do sistema de vigilância da LTA em áreas indígenas. Espera-se que as abordagens comparadas neste estudo possam servir de base para aperfeiçoamento de sistemas de vigilância em saúde, principalmente para doenças transmitidas por vetores em áreas indígenas.This paper aims to present the limitations of the surveillance system for cutaneous Leishmaniasis (CL) overseen by the Ministry of Health in Brazil in indigenous areas, based on the accounts of technical experts and collaborators who worked on the surveillance of the disease among the Wajãpi indigenous people between 2012 and 2015. The study compares the standard approaches recommended by the Ministry of Health with alternative approaches in three main areas: case detection and diagnosis, treatment, and epidemiological analysis. In the latter area, methods that relate to risk analysis, entomology and the study of vertebrate hosts were compared. The comparison showed that approaches based on qualitative methods andknowledgeaboutculturalpatternsandspecicitiesoftheindigenousgroupincreasedtheacceptability of the health service. Integrative approaches such as participatory community workshops involving community members acting as reporting agents working within the health service proved to be important alternatives for improving the sensitivity and representativeness of the CL monitoring system in indigenous areas. It is expected that the approaches compared in this study can form the basis for improvement in health surveillance systems, particularly for vector-borne diseases in indigenous areas.