Este estudo teve como objetivo calcular os custos das doenças tabaco-relacionadas, sob duas perspectivas – do órgão financiador (SUS) e hospitalar. Sob a perspectiva do órgão financiador, foram calculados os custos das hospitalizações e dos procedimentos de quimioterapia produzidos para o tratamento de doenças tabaco-relacionadas em 2005 dos seguintes grupos de enfermidades: Câncer, Aparelho Circulatório e Aparelho Respiratório. Os dados foram obtidos através do SIH-SUS e do SIA-SUS APAC/ONCO. O método de custeio sob esta perspectiva utilizou dados de risco relativo fornecidos pelo Cancer Prevention Study II e da prevalência do tabagismo da Pesquisa Mundial de Saúde de 2003. A partir dessas duas bases, foi construída a Fração Atribuível ao Tabagismo. Para a perspectiva hospitalar, os custos da assistência médica foram calculados em dois hospitais de referência nacional nas áreas oncológica e cardiológica e foi selecionada uma amostra de 331 prontuários de câncer de pulmão, laringe e esôfago, angina pectoris e doença isquêmica crônica do coração. O método de cálculo de custos por patologia foi aplicado a cada caso da amostra e estes casos foram organizados em estratos, conforme a presença de preditores clínicos que poderiam contribuir com a variação dos custos que, no caso das neoplasias, foram o estadiamento e as co-morbidades associadas (diabetes mellitus, DPOC, hipertensão e infarto agudo do miocárdio) ao diagnóstico principal, e das doenças cardíacas também as comorbidades associadas (câncer de pulmão, laringe e esôfago, diabetes mellitus e DPOC). Sob a perspectiva do órgão financiador, foram adotadas duas fórmulas para calcular os custos atribuíveis ao tabagismo para os três grupos de doenças. Os custos associados ao tabagismo considerando a primeira fórmula foram de R$ 137.482.819,59, enquanto que no cálculo a partir da adoção de uma segunda fórmula esses custos totalizaram R$ 338.692.516,02. Sob a perspectiva hospitalar, os custos totais médios e medianos foram de R$ 28.902,09 e R$ 26.028,52 para câncer de pulmão; R$ 33.163,86 e R$ 31.882,43 para câncer de esôfago; R$ 37.528,96 e R$ 38.766,52 para câncer de laringe; R$ 29.686,93 e R$ 17.445,26 para doença isquêmica crônica do coração; e R$ 33.130,03 e R$27.135,30 para angina pectoris. Este estudo mostra a magnitude da carga econômica do tabagismo que recai sobre o sistema público de saúde, com implicações acerca das ações e estratégias para o controle do tabagismo no Brasil.This study investigates the smoking health-care costs, under two perspectives – health system and hospital. From the health system perspective, the cost of hospitalizations and chemotherapy procedures associated with smoking-related diseases were estimated based on 2005 figures, focusing on the three diseases groups: cancer, cardiovascular, and respiratory. It relies on data from the Brazilian information systems. The calculation method is based on Smoking Attributable Fraction, and to calculate its values for each smoking-related disease was used the Cancer Prevention Study - II relative risk’s estimates and the smoking prevalence of World Health Survey, carried out in 2003. From the hospital perspective, the health-care tobacco costs were calculated in two selected providers, specialized in oncology and cardiology care. Data from a sample of 331 cases of lung, laryngeal, and esophageal cancer, angina pectoris, and chronic ischemic heart disease were collected based on medical records. The method of pathology cost was selected to calculate the health-care costs, and the patients were stratified based on the presence of clinical predictors which could contribute with costs measures. For cancer, these clinical predictors were cancer stage and co-morbidities (diabetes, COPD, hypertension and AMI) related to the main diagnostic and co-morbidities (diabetes, lung, laryngeal, and esophageal cancer and COPD) for heart diseases. The results from health system perspective were calculated based on two formulas and, for the first one, the costs of tobacco-related diseases were R$ 137.482.819,59 and for the second one were R$ 338.692.516,02. From hospital perspective, the average and median costs were: R$ 28.902,09 and R$ 26.028,52 to lung cancer; R$ 33.163,86 and R$ 31.882,43 to esophageal cancer; R$ 37.528,96 and R$ 38.766,52 to laryngeal cancer; R$ 29.686,93 and R$ 17.445,26 to chronic ischemic hearth disease; and R$ 33.130,03 and R$ 27.135,30 to angina pectoris. This study shows the burden of smoking on public health system, and points out some implications on action and strategies to tobacco control in Brazil.