A bactéria endossimbionte Wolbachia tem sido sugerida como mecanismo de controle de insetos vetores e alvo para o tratamento das filarioses. Nesse contexto, estudos sobre a prevalência de Wolbachia em populações de vetores de campo, a análise da sua densidade em insetos sob diferentes condições fisiológicas e a investigação da diversidade genética da bactéria dentro e entre diferentes populações de vetores e em pacientes filarêmicos são relevantes. O presente estudo teve como objetivos: determinar o percentual de infecção em Culex quinquefasciatus e Aedes albopictus coletados em diferentes áreas da RMR - PE BR; descrever a diversidade dos genes ftsZ e wsp nas linhagens de Wolbachia encontradas tanto nos vetores citados quanto nos vermes filariais coletados de pacientes microfilarêmicos da região; como também comparar a densidade da bactéria em duas populações de C. quinquefasciatus do estado de PE, uma susceptível e outra resistente a temefós. Nossos resultados mostraram que o simbionte Wolbachia está presente em 100 por cento dos vetores analisados quando diagnosticados pelo método de PCR seminested, o qual se mostrou mais eficiente que a PCR convencional. Quanto à densidade do endossimbionte, as fêmeas de C. quinquefasciatus resistentes a organofosforados de Santa Cruz do Capibaribe, Sertão PE, apresentaram a densidade média, cerca de sete vezes maior que às fêmeas susceptíveis de Peixinhos, RMR PE, confirmando dados encontrados na literatura. Isto sugere que mosquitos resistentes apresentam maior dificuldade para controlar a densidade do endossimbionte provavelmente pelo custo biológico associado à resistência.Em relação à diversidade genética, os dois genes estudados não mostraram nenhuma variação nas populações observadas. A análise de outros marcadores pode ajudar a esclarecer a relação entre hospedeiros e endossimbionte dando maior suporte ao uso de Wolbachia no desenvolvimento de novas estratégias de controle e tratamento de doenças transmitidas por vetores