O artigo tem como objetivo verificar a atuação das Comissões Intergestores Bipartite (CIB) de Minas Gerais e do Rio de Janeiro frente as especificidades de saúde locais nos anos de 2012 e 2013. Tratou-se de uma pesquisa qualiquantitativa com análise documental das Resoluções das Comissões Intergestores Bipartite dos estados disponíveis na internet por meio dos respectivos sítios eletrônicos. Os estados possuem especificidades locais distintas, sendo que os programas estaduais voltados para a Saúde Indígena foram o destaque de Minas Gerais e as ações voltadas para a melhoria da Atenção Especializada foi o destaque do Rio de Janeiro. As Comissões Intergestores Birpatite têm desempenhado um papel fundamental na formulação de políticas públicas visando a melhoria de saúde da população, de acordo com os princípios do Sistema Único de Saúde (SUS).The article had as objective to verify the performance of Bipartite Commissions (CIB) of the State of Minas Gerais and Rio de Janeiro about the local health specialties in the years of 2012 and 2013. It was a qualiquantitativa research with documentary analysis of the resolutions of the commissions available in their electronic sites. Results: Both states possess distinct local specialties. The indigenous health program was the mostly prominence in the State of Minas Gerais and the specialized health attention was the most viewed in the State of Rio de Janeiro. The CIB of both states has played a basic role in the formularization of public politics in accordance with the principles of the Unified Health System (SUS).El artículo tiene el objetivo de hacer una verificación en el funcionamiento de las Comisiones Intergestores bipartidas del Estado de Minas Gerais y Río de Janeiro, sus especialidades locales en la salud en los años de 2012 y 2013. Hizo una investigación cualitativa y cuantitativa por medio del análisis de las resoluciones de las Comisiones Intergestores bipartidas (CIB) de los estados disponibles en respectivos sitios electrónicos. Resultados: Los estados poseen especificidades locales distintos. Sobre la salud indígena tienen más prominencia en el estado de Minas Gerais y las acciones de la atención especializada en salud tuvieron más prominencia en Río de Janeiro. Las CIB han desempeñado un papel básico en la formulación de las políticas públicas de salud para la población, de acuerdo con los principios del sistema de salud (SUS).