Objetivou-se avaliar a aplicabilidade da tecnologia de sondas TaqMan para diagnóstico e identificação de Leishmania spp. relacionadas com a etiologia da LTA. Realizou-se alinhamentos múltiplos de Leishmania spp. para diferentes alvos. O melhor alvo foi selecionado para desenho de primers e sondas capazes discriminarem entre as espécies. Após padronização individual, os sistemas foram combinados para compôr a Duplex-qPCR (DqPCR). A DqPCR foi avaliada em amostras obtidos de pacientes do Amazonas e Pernambuco, e comparada ao conjunto de critérios estabelecido. A capacidade da DuplexqPCR identificar espécie foi comparada a técnica de isoenzimas e sequenciamento. De acordo com a conveniência, pacientes foram acompanhados através de coleta de sangue antes e após tratamento para correlação da carga parasitária com a evolução clínica e terapêutica. O Internal Transcribed Spacer 1 foi o alvo selecionado. Dois conjuntos de primers e sondas foram desenhados, SVS para subgênero Viannia e LaS para L. amazonensis. Um total de 236 pacientes participaram da pesquisa (127 AM; 109 PE), e foram obtidas 101, 33 e 147 amostras de sangue, biópsia e imprint, respectivamente. A amostra de imprint foi mais sensível ao teste. A DqPCR e o conjunto de critérios concordaram em 123 (83,67%) amostras de imprint, apresentando 83,06% de sensibilidade, 86,96% de especificidade e concordância moderada. Quanto a identificação da espécie, a DqPCR e o sequenciamento/isoenzimas concordaram em 100%. Foi realizado o acompanhamento de 23 indivíduos (13 AM; 10 PE). Nas amostras de sangue obtidas pré-tratamento, 17 foram positivas, enquanto na coleta póstratamento 11. Nos pacientes acompanhados, foi notável falha na eliminação dos parasitos mesmo clinicamente curados, além de não observar cura clínica em pacientes infectados por L. guyanensis. Assim, nota-se a relevância do diagnóstico e identificação da espécie em um único momento a fim de melhorar a qualidade de vida dos pacientes acometidos pela LTA.CAPES e FACEPE.The work evaluated the applicability of the TaqMan probe technology for the diagnosis and identification of Leishmania spp. related to the ACL etiology. Multiple alignments of Leishmania spp. for different targets was carried out. The best target was selected for primer design and probes capable of discriminating between species. After individual standardization, these were combined to compose duplex-qPCR (DqPCR). The DqPCR was evaluated in samples obtained from patients from Amazonas and Pernambuco, and compared to the set of criteria established. The able to identification of the species was compared by isoenzymes method and sequencing analysis. According to the convenience, patients were monitored throught blood samples before and after treatment to correlate the parasite load (PL) to the clinic-therapeutic evolution. Internal Transcribed Spacer 1 (rDNA) was the target selected. Two sets of primers and probes were designed, SVS for the subgenus Viannia and LaS for L. amazonensis. A total of 236 patients participated in the research (127 AM; 109 PE), and them were obtained 101, 33 and 147 blood samples, biopsy and imprint, respectively. The imprint sample was the most sensitive to the technique. DqPCR and set of criteria have agreed to 123 (83,67%) imprints, showing 83.06% sensitivity, 86.96% specificity and substantial agreement between the techniques. Regarding the identification of the species, DqPCR and sequencing/isoenzymes have agreed to 100%. We get to monitoring 23 individuals (13 AM; 10 PE). In blood samples obtained before treatment, 17 were positive, while in those after treatment 11. In the patients monitored, it was notable failure in the elimination of parasites in clinically cured patients, besides not observing clinical cure in patients infected with L. guyanensis. Thus, we note the relevance of the diagnosis and identification of the species in a single moment in order to improve the quality of life of the patients affected by the LTA.