O Hepacivirus A (hepacivírus equino - EqHV) foi o primeiro vírus do gênero Hepacivirus (Família Flaviviridae) descrito para um hospedeiro mamífero não humano. Descrito em infecção de cavalos, cães e muares, possui uma ampla distribuição global, co-circulando como dois subtipos virais sem qualquer associação geográfica. O animal infectado pelo EqHV desenvolve quadros clínicos de hepatite e a infecção pode evoluir para cronicidade. No entanto, o desenvolvimento para infecção crônica constitui uma minoria dos casos. O genoma do EqHV possui regiões hipervariáveis na região do envelope viral e uma dinâmica populacional de quasiespécies. Essa complexa dinâmica é associada a muitas dificuldades clínicas no tratamento, desenvolvimento de vacinas e características biológicas do vírus. Estudar esta complexidade populacional no contexto de diferentes evoluções da infecção e localizações geográficas, isto é, de animais que eliminaram ou que evoluíram para a infecção crônica, pode elucidar características importantes da evolução e distribuição dos hepacivírus. Desta forma, este projeto teve por objetivo acessar a população de quasiespécies do EqHV em equinos que eliminaram a infecção ou evoluíram para infecção crônica, bem como estimar a diversidade genética entre equinos de diferentes regiões geográficas do Brasil. Para a análise das quasiespécies, foi realizada a amplificação, sequenciamento e clonagem molecular do envelope viral abrangendo a região hipervariável do EqHV (400 pb), e um total de 236 clones foram obtidos. As populações de quasiespécies do animal crônico mostraram-se significativamente diferentes em relação aos animais que eliminaram a infecção, inclusive quando analisadas as sequências majoritárias (sequenciamento direto do produto de PCR) As sequências dos produtos de PCR dos quatro animais que eliminaram a infecção foram idênticas entre si, e entre a maioria dos clones obtidos desses animais. Esse resultado não foi observado para nenhuma das coletas do animal com infecção crônica. Além disso, não houve relação entre a localização geográfica e a distância genética inter-populacional do EqHV. As variações não sinônimas se concentraram em regiões de conhecida hipervariabilidade, sendo mais frequentes no animal crônico. Ademais, os dois pontos de coleta do animal crônico mostraram dinâmica de população de quasiespécies acelerada. A análise filogenética não distinguiu populações de animais crônicos, de eliminação ou de diferentes localizações geográficas. Em conclusão, verificou-se associação entre diversidade viral e persistência da infecção em que uma população homogênea tende à eliminação viral, enquanto uma população de maior diversidade tende à persistência. Não houve relação entre a distância geográfica e a distância genética, sugerindo distribuição antropogênica do vírus. Entender a dinâmica populacional do EqHV envolve benefícios que podem abranger a área médica veterinária e humana, contribuindo também na agenda de eliminação das hepatites virais humanas da Organização Mundial da Saúde (OMS).Hepacivirus A (equine hepacivirus - EqHV) was the first virus of the genus Hepacivirus (Family Flaviviridae) described for a non-human mammal host. Described in infection of horses, dogs and muars, it has a wide global distribution, co-circulating as two viral subtypes without any geographical association. Animals infected by EqHV develop clinical symptoms of hepatitis and infection may evolve into chronicity. However, the development to chronic infection constitutes a minority of cases. EqHV genome has hypervariable regions in the viral envelope genes and a quasispecies population dynamics. Such complex dynamics is associated with many clinical difficulties in treatment, vaccine development and biological characteristics of the virus. Studying this population complexity in the context of different infection evolutions and geographical locations, i.e., animals that have eliminated or evolved to chronic infection, may elucidate important characteristics of hepacivirus evolution and distribution. Thus, this project aimed to assess the population of the EqHV quasispecies in horses from the same farm that either cleared the infection or progressed into chronic infection, as well as the genetic diversity between horses from different geographical regions in Brazil. For the analysis of the quasispecies, amplification, sequencing and molecular cloning of the viral envelope portion covering the hypervariable region of EqHV (400 bp) were performed, and a total of 236 clones were obtained. The populations of quasispecies of the chronic animal were significantly different from those that cleared the infection, even when the majority sequences were analyzed (direct sequencing of the PCR product) The sequences of the PCR products of the four animals that cleared the infection were identical among themselves, and among the most frequent clone population obtained from these animals. This result was not observed for any of the samples of the chronically infected animal. Moreover, there was no relationship between the geographical location and the inter-population genetic distance of EqHV. The non-synonymous variations were concentrated in regions of known hypervariability and were more frequent in the chronic animal. Moreover, the two samples of the chronically infected animal revealed accelerated quasispecies dynamics. Phylogenetic analysis did not distinguish populations of cleared, chronically infected animals or of different geographic locations. In conclusion, there was an association between viral diversity and persistence of infection in which a homogeneous population tends to viral elimination, while a population of greater diversity tends to persist. There was no relationship between geographic distance and genetic distance, suggesting anthropogenic distribution of the virus. Understanding the population dynamics of EqHV involves benefits that can cover the veterinary and human medical field, also contributing to the World Health Organization (WHO) agenda for the elimination of human viral hepatitis.