As expressivas desigualdades da sociedade brasileira e o contexto de escassez de recursos financeiros para o setor da saúde, associados às características estruturais do federalismo fiscal e ao modelo predominante das transferências do SUS, influenciam a negociação política e implantação de alternativas de financiamento federal não atreladas diretamente à oferta e produção de ações e serviços de saúde nos estados e municípios. Observa-se que a política de saúde, a partir da segunda metade da década de 1990, vem desenvolvendo mecanismos próprios que, neste contexto específico, tendem a acomodar interesses diversos e conflitos federativos gerados por fatores estruturais e pelas regras institucionais. Porém, a falta de um planejamento integrado entre os critérios que regem a redistribuição dos recursos para o financiamento do Sistema Único de Saúde e o sistema de partilha tributário da federação brasileira acaba por reforçar determinados padrões de assimetria encontrados e gerar novos desequilíbrios, dificultando a compensação das desigualdades na capacidade de gasto público em saúde das esferas subnacionais.In the Brazilian society’s context of meager financial resources for health care, associated with structural features of fiscal federalism and with the current model of funding transfers for the Unified Health System’s (SUS), important inequities directly impact political negotiations and the deployment of federal financing alternatives which are not directly linked to the supply and production of health care activities and services by states and municipalities. We observed that health policies, since the second half of the nineties, have developed their own mechanisms that, in the above mentioned context, tend to accommodate different interests and federative conflicts generated by structural factors and by institutional rules. However, the absence of an integrated planning program between the criteria to establish resource redistribution for financing the Unified Health System and the Brazilian Federation’s fiscal sharing system, end up reinforcing certain asymmetric patterns and generating new imbalances, making the compensation of inequities difficult in public health spending at the sub-national domain.