Os genomas de cepas de Leishmania (Viannia) braziliensis isoladas em áreas de alta endemicidade para leishmaniose cutânea no nordeste do Brasil, anteriormente caracterizadas por MLEE em dez (10) zimodemas (Z26, Z27, Z45, Z72, Z73, Z74, Z75, Z78, Z105, Z106) foram sequenciados e analisados. O sequenciamento foi realizado na plataforma MiSeq / Illumina e os dados foram comparados contra o genoma da cepa de referência (L. braziliensis cepa 2904). A anotação da variabilidade encontrada foi feita utilizando o programa snpEFF v3.6 e o número de cópias para cada cromossomo foi estimado usando o ambiente de programação R. Uma análise filogenética foi realizada através das sequências de quatro enzimas metabólicas (ICD, 6PGDH, MPI e G6PDH) e da proteína de choque Hsp70. Sequências equivalentes de várias espécies de Leishmania do subgênero Viannia foram incluídas nesta análise. A profundidade média das sequências geradas variou aproximadamente de 6 a 30 vezes. Os isolados pertencentes aos zimodemas Z72, Z75, Z74 e Z106 foram distintamente agrupados e separados dos outros. Todos os dez isolados foram identificados como L. braziliensis, incluindo zimodema Z26, previamente classificado como Leishmania shawi. As comparações mitocondriais do DNA do minicírculo corroboraram para as conclusões filogenéticas, enquanto as sequências do maxicírculo conduziram a um perfil menos definido. Como resultado da análise de aneuploidia, o cromossomo 31 foi encontrado em três ou mais cópias em todos os isolados e a cepa Z27 apresentou cópias extras para seis outros cromossomos. Os isolados Z72 e Z75 foram caracterizados por uma heterozigosidade muito reduzida. Os achados obtidos no estudo são consistentes e demonstram a existência de pelo menos dois grupos evolutivos distintos na área restrita amostrada, e a grande diversidade genética da espécie L. braziliensis. Esses resultados sugerem a importância das características eco-epidemiológicas de onde essas cepas foram isoladas, as quais apresentam ciclo com transmissão peri doméstica e interface com ciclo enzoótico silvestre em remanescentes de Mata Atlântica primária.The genomes of Leishmania (Viannia) braziliensis strains isolated in areas of high endemicity for cutaneous leishmaniasis in northeastern Brazil, previously characterized by MLEE in ten (10) zymodemes (Z26, Z27, Z45, Z72, Z73, Z74, Z75, Z78, Z105 , Z106) were sequenced and analyzed. Sequencing was performed on the MiSeq / Illumina platform and data were compared against the genome of the reference strain (L. braziliensis strain 2904). The annotation of the variability found was made using the snpEFF v3.6 program and the number of copies for each chromosome was estimated using the R programming environment. A phylogenetic analysis was performed through the sequences of four metabolic enzymes (ICD, 6PGDH, MPI and G6PDH) and the Hsp70 shock protein. Equivalent sequences of several Leishmania species of the subgenus Viannia were included in this analysis. The mean depth of the sequences generated ranged from approximately 6 to 30 times. The isolates belonging to zymodemes Z72, Z75, Z74 and Z106 were distinctly grouped and separated from each other. All ten isolates were identified as L. braziliensis, including Zymodeme Z26, previously classified as Leishmania shawi. The mitochondrial DNA comparisons of the mini-circle corroborated the phylogenetic conclusions, while the maxi- circle sequences led to a less definite profile. As a result of the analysis of aneuploidy, chromosome 31 was found in three or more copies in all isolates and strain Z27 presented extra copies to six other chromosomes. Isolates Z72 and Z75 were characterized by very reduced heterozygosity. The findings obtained in the study are consistent and demonstrate the existence of at least two distinct evolutionary groups in the restricted area sampled, and the great genetic diversity of the L. braziliensis species. These results suggest the importance of the eco-epidemiological characteristics from which these strains were isolated, which present a cycle with peridomestic transmission and interface with wild enzootic cycle in remnants of primary Atlantic Forest.2018-10-05