Objectives. To determine the circulation of Rickettsia in the years 2010 and 2011 in border locations in four regions of Peru and their clinical epidemiological and molecular characteristics. Materials and Methods. A cross-sectional study was carried out in Tumbes, Tacna, Madre de Dios, and Loreto. Whole blood samples were obtained from participants for culture and indirect immunofluorescence (IIF) testing. The DNA taken from leukocytes and ectoparasite cultures was used, and those genes detected for Rickettsia that were successfully amplified were sequenced and analyzed. Results. A total of 33.8% of those surveyed carried Rickettsia antibodies (21.7% in Loreto, 33.0% in Madre de Dios, 48.2% in Tacna, and 33.3% in Tumbes). Seropositivity was confirmed with IIF in over 40% of isolates. Molecular tests showed the presence of Rickettsia felis in Ctenocephalides felis of dogs and cats in Tacna and a recently reported species for Latin America, Candidatus Rickettsia asemboensis, in fleas of cats and dogs in Loreto, Madre de Dios, and Tacna. Of the population studied, 81.4% reported a history of contact with ectoparasites, 22.6% were asymptomatic, and 27.8% lived in earthen-floored homes without water or drainage. Conclusions. Serological and molecular evidence confirms the circulation of Rickettsia in the border locations studied, with predisposing epidemiological factors. Tests confirm the presence of two species, Rickettsia felis and Candidatus Rickettsia asemboensis, which represent a potential threat to the health of the inhabitants.Objetivos. Determinar circulación de rickettsias durante los años 2010 al 2011 en localidades fronterizas de cuatro regiones del Perú, y sus características clínicas epidemiológicas y moleculares. Materiales y métodos. Estudio transversal realizado en Tumbes, Tacna, Madre de Dios y Loreto. Se obtuvo datos clínicos epidemiológicos y muestras de sangre total para cultivo y para ensayo de inmunofluorescencia indirecta (IFI). Fue utilizado ADN extraído de cultivos de leucocitos y de ectoparásitos, aquellos genes específicos para rickettsias que amplificaron exitosamente fueron secuenciados y analizados. Resultados. El 33,8% de los encuestados portaba anticuerpos a rickettsias; en Loreto 21,7%, en Madre de Dios 33,0%, en Tacna 48,2% y en Tumbes 33,3%, encontrándose seropositividad en más del 40% de aislamientos confirmados por IFI. Las pruebas moleculares evidenciaron la presencia de Rickettsia felis en Ctenocephalides felis de perros y gatos de Tacna y una especie recientemente reportada para Latinoamérica: Candidatus Rickettsia asemboensis en pulgas Ctenocephalides felis de gatos y perros de Loreto y Madre de Dios. De la población estudiada, el 81,4% informó antecedentes de contacto con ectoparásitos, el 22,6% eran asintomáticos y el 27,8% habitaban viviendas sin agua ni desagüe, con piso de tierra. Conclusiones. Evidencias serológicas y moleculares confirman la circulación de rickettsias en las localidades fronterizas estudiadas, con predisponentes epidemiológicos, demostrándose presencia de dos especies: Rickettsia felis y Candidatus Rickettsia asemboensis, las que representarían una amenaza potencial para la salud de los pobladores.