O artigo tem como objetivo identificar e analisar os obstáculos políticos à implementação do Contrato Organizativo da Ação Pública (COAP) a partir das percepções dos secretários municipais de saúde das Comissões Intergestores Bipartites (CIB). Para isso, foram entrevistados, de outubro de 2015 a agosto de 2016, 195 secretários (92% do total). A partir da abordagem da ‘análise de políticas’, os principais obstáculos identificados foram, em síntese: um obstáculo tradicional (a falta de recursos), um que vem ganhando força nos últimos anos (a judicialização da política) e outro, talvez inédito: o sistema político-partidário e o Poder Executivo Estadual são os grandes ausentes nas coalizões de apoio às políticas de regionalização do Sistema Único de Saúde (SUS). Conclui-se que tais obstáculos indicam um cenário extremamente negativo para a implementação do COAP e de outras políticas que busquem a regionalização do SUS. Diante disto, cabe aos envolvidos refletir, negociar, construir consenso em torno da melhoria da saúde da população e superar tais obstáculos caso, logicamente, desposem da concepção dos autores de que a regionalização é fundamental para o SUS.