Infecções por Neisseria meningitidis estão associadas a altos índices de morbi-mortalidade. Em Salvador, a incidência anual média da meningite meningocócica, no período de fevereiro de 1996 a janeiro de 1999 foi de 2,25/100000 hab., acometendo, principalmente, crianças menores de 02 anos (14,19/100. 000hab.), uma taxa de letal idade geral de 7,9% e 4,7% de seqüelas neurológicas. Assim, se faz necessário a disponibilidade de um método simples, eficaz na caracterização molecular deste patógeno, para um melhor entendimento na distribuição e transmissão da doença. Este trabalho, teve como objetivos, descrever a distribuição fenotípica e genotípica da Neisseria meningitidis isolada de casos de meningite de Salvador-BA e validar a utilização do método da NgREP-PCR em estudos de vigilância epidemiológica. A população do estudo foi formada por pacientes do Hospital Couto Maia, Salvador-BA, que tiveram cultura de líquor positiva para Neisseria meningitidis. Para a caracterização fenotípica, as amostras foram submetidas a testes de aglutinação, na determinação dos sorogrupos (A, B, C, W135 e Y) e testes de dot-blot, utilizando anticorpos monoclonais, na determinação dos 18 sorotipos e 18 sorosubtipos e a caracterização genotípica foi realizada pela Reação da Polimerase em Cadeia - NgREP-PCR. Durante o período do estudo foram identificados no HCM, 272 casos de meningite meningocócica, dos quais, 258 tiveram isolados analisados. A distribuição dos sorogrupos, identificou o predomínio de sorogrupo B, em 79,8% (206 de 258) dos isolados, seguido do sorogrupo C, em 18,6% (48 de 258), do sorogrupo W135, em 1,2% (3 de 258) e do sorogrupo Y em 0,4% (1 de 258), nenhum caso sorogrupo A foi identificado. A distribuição dos sorotipos e sorosubtipos demonstrou a predomínio de 4,7;P1.19, 15(63,2%); 4,7;P1.7,1 (4,3%); 2a:P1.2 (3,5%); 4,3:P1.3 (1,9%); Outros (24,8%). Foram caracterizados pelo NgREP-PCR 84,5% (218 de 258). Através da análise visual, os isolados foram caracterizados e agrupados em 34 padrões correlacionados, sendo que, 16 desses padrões, abrangeram 91,7% do total das amostras. Através da análise pelo software GelCompar II versão 4.1, cada padrão correlacionado registrou um índice de similaridade, entre suas amostras, superior a 80%. Além disso, o método do NgREP-PCR foi capaz de identificar padrões que se correlacionaram perfeitamente à sorosubtipagem e principalmente, de identificar o clone dominante encontrado na população estudada. Assim, o NgREP-PCR pode ser utilizado como ferramenta em estudos de vigilância epidemiológica.Neisseria meningitidis infections are associated with high rates of morbidity and mortality around the world. In Salvador, Brazil, the average annual Incidence of meningococcal disease between February 1996 and January 1999 was 2.25/100,000 hab, with the highest attack rate among children younger than two years old (14.19/100,000hab. children per year). The overall case-fatality percentage was 7.9%. Among survivors, neurological sequelae were present in 4.7%. OBJECTIVES - The aims of this work were to describe the phenotypic and genotypic distribution of Neisseria meningitidis causing of meningitis in Salvador-BA and to validate the use of a simple molecular typing method, NgREP-PCR for use epidemiological surveillance. METHOD - The study population included patients admitted to Couto Maia Hospital (CMH), Salvador-BA, with meningococcal meningitis confirmed by isolation of Neisseria meningitidis from cerebrospinal fluid. Isolates were serogrouped by agglutination tests for serogroups A, B, C, W135 and Y. Isolates were serotyped by dot-blot using monoclonal antibodies for 18 sorotypes and 18 sorosubtypes. A genotype was assigned using NgREP-PCR method, comparing visual and digital classification using GelCompar software (version 4.1). RESULTS - During the study period. 272 cases of meningococcal meningitis were identified in CMH, and isolates were available from 258 cases. Serogroup B was the most prevalent serogroup accounting for 79,8% (206) of 258 isolates. Serogroup C accounted for 18.6% (48 of 258), while serogroups and W135 and Y accounted for 1.2% (3 isolates) and 0.4% (1 isolates) respectively. No isolates belonged to serogroup A. One serosubtype, 4,7;P1.19,15, was responsible for 63.2% of the isolates, type 4,7:P1.7,1 (4.3%), 2a;P1.2 (3.5%), 4,3:P1.3 (1.9%), and others in (24.8%) were also Identified. NgREP-PCR was performed for 218 isolates (84.5%). The isolates were classified by visual comparison into 34 genotypic patterns and 16 of these patterns included 91,7% of all isolates genotyped. CONCLUSIONS - In GelCompar analysis, the similarity index of strains within the 16 patterns was greater than 80%. The NgREP-PCR method identified different patterns which correlated with the serosubtyping, including the identification of the dominant clone found in the study population. NgREP-PCR proved to be useful tool for epidemiologic surveillance.