Esta dissertação discute a implantação da Política de Saúde Indígena no município de Angra dos Reis no período 1989-1999; aborda a Política Nacional de Saúde Indígena, formulada na década de 90, como parte da reforma sanitária brasileira, tendo como marco a criação, em 1999, do Subsistema de Atenção à Saúde Indígena. Coordenado pelo nível central, sob gestão da FUNASA/Ministério da Saúde, o subsistema exigiu adaptações na organização dos sistemas de serviços de saúde em nível local, formulando-se os Distritos Sanitários Especiais Indígenas. Essa conformação resultou na necessidade de interlocução entre diversas instituições ligadas à questão indígena, gerando conflitos de múltiplas naturezas e dificuldades operacionais. A partir da análise da história da saúde indígena no município de Angra dos Reis e de sua contribuição para a implantação dessa política na realidade local, levantam-se questões acerca de alguns problemas centrais para a consolidação desse modelo de atenção. A análise evidencia também as dificuldades de implementação de uma política de saúde indígena diferenciada, sob a responsabilidade federal, no âmbito do SUS descentralizado, pois a ausência de mecanismos e instrumentos específicos que regulamentem a operacionalização dos serviços em nível local, assim como a supervisão e avaliação de resultados, fazem com que essa atenção diferenciada esteja submetida às vicissitudes ou virtudes da política local.This dissertation discusses the implementation of the Indigenous Health Policy in the municipality of Angra dos Reis in the period 1989-1999; addresses the National Policy on Indigenous Health, formulated in the 1990s, as part of the health reform Brazilian society, with the creation, in 1999, of the Health Care Subsystem Indigenous. Coordinated by the central level, under the management of FUNASA/Ministry of Health, the subsystem required adaptations in the organization of health service systems health at the local level, formulating the Special Indigenous Health Districts. That conformation resulted in the need for dialogue between different institutions linked to the indigenous issue, generating conflicts of multiple natures and difficulties operational. From the analysis of the history of indigenous health in the municipality of Angra dos Reis and its contribution to the implementation of this policy in reality local, questions are raised about some central problems for the consolidation this model of attention. The analysis also highlights the difficulties of implementation of a differentiated indigenous health policy, under the federal responsibility, within the scope of the decentralized SUS, since the absence of specific mechanisms and instruments that regulate the operationalization of services at the local level, as well as the supervision and evaluation of results, make so that this differentiated attention is submitted to the vicissitudes or virtues of the local politics.