O presente trabalho procura reconstituir a história do Hospital de São Sebastião, que foi fundado na cidade do Rio de Janeiro, em 1889, como um dos últimos atos Imperador D. Pedro II. Nosso objetivo central foi a análise da relação da criação e estruturação do Hospital de São Sebastião com o debate sobre a causalidade das doenças, em especial a febre amarela, e com o desenvolvimento da medicina pasteuriana. Desta forma reconstituímos o processo de criação da instituição, suas características arquitetônicas, e seu papel no processo de estruturação dos aparelhos institucionais, no campo da saúde publica, especialmente no cenário das epidemias. Analisamos a arquitetura da instituição, relacionando-a com os debates existentes na época sobre arquiteturas hospitalares e com as correntes médicas hegemônicas na época. Acreditamos que a arquitetura guarda uma grande relação com a conjuntura do período no qual realizou-se a construção. O hospital, tendo sido um dos primeiros a ser criado, no Brasil, com a especificidade de isolar enfermos de uma moléstia específica, tinha por função inicialmente isolar os enfermos de febre amarela da cidade do Rio de Janeiro e os que chegavam por via marítima. Esta função foi ampliada ao longo de sua história, passando a atender também os pacientes de outras moléstias epidêmicas, o que eventualmente acarretou em modificações na estrutura espacial do estabelecimento, como a necessidade de construção de pavilhões provisórios para abrigar os doentes acometidos de outras enfermidades. Destacamos também as relações com o meio médico, principalmente tendo como cenário a mais longa administração do Hospital de S. Sebastião, sob a gerência de Carlos Seidl. Destacamos, também, as relações estabelecidas com o meio científico brasileiro, e estrangeiro, como bem demonstrou a presença de missões científicas no hospital, principalmente no que se referia ao debate sobre a causalidade das doenças e sobre as medidas de combate as doenças epidêmicas.This job intends to reconstitute the Hospital de São Sebastião history, founded in Rio de Janeiro city in 1889, as one of the latest acts from D.Pedro II Emperor. Our main objective was the relation analysis of the creation and structure of this hospital with the debate about the illness reasons, specially the yellow fever, and with the pasteurian medicine development. Then, we reconstitute the institution creation process, its architectonic characteristics and its position in the institutional apparatus structural process, on the public healthy field, mainly on epidemic scenario. We analyzed its architecture and made the relation with the existing debates about hospital architectures and the hegemonic medical opinion on those times as well. We believe the architecture holds a strong relation with the existing conjuncture in the building time. As one of the first Brazilian hospitals created with the characteristic to isolate patients with specific illness, it had as initial function to isolate yellow fever persons at Rio de Janeiro city, as well as those people came from the sea with the same illness. Such function was enlarged along the hospital life, receiving also patients with other epidemic diseases, that obviously caused physical structure modification, as provisory pavilion building to shelter patients with these other illnesses. We also emphasized the relations with the physicians, mainly having as scenario, the longest Hospital de São Sebastião administration, under Carlos Seidl management. We also highlighted the relations with the Brazilian and foreign scientific circles, as very well demonstrated by the scientific missions to this hospital, mainly concerned to the debate about the illnesses causes and the combat actions to the epidemic diseases.