Cryptosporidium é uma das causas mais importantes de diarreia em menores de 2 anos de idade, porém, pouco se sabe sobre a caracterização molecular de espécies de Cryptosporidium em Moçambique. Este estudo objectivou determinar a frequência, os factores associados e de espécies/genótipos de Cryptosporidium em crianças admitidas em dois hospitais públicos de Maputo, Moçambique no âmbito da Vigilância Nacional de Diarreias Agudas. Foram estudados 319 pacientes de 0 a 60 meses de idade, admitidos por diarreia aguda, entre Abril de 2015 a Fevereiro de 2016 no Hospital Geral de Mavalane e José Macamo, em Maputo. As características clínico-epidemiológicas foram aferidas por questionário estruturado e as amostras fecais foram examinadas quanto à presença de oocistos de espécies de Cryptosporidium usando a técnica de coloração de Ziehl-Neelsen modificada. O ADN foi isolado de 192 amostras e analisadas usando técnica da Reacção em Cadeia de Polimerase (RCP) e \201CRestriction Fragment Length Polymorphism\201D (RFLP) baseado no gene 18S ARN ribossomal (SSU rRNA) de Cryptosporidium. Ao todo, 57.7% (184/319) crianças eram do sexo masculino e a mediana da idade (Intervalo InterQuartil, IIQ) foi de 11.0 (7 a 15) meses. A frequência de detecção de oócitos de Cryptosporidium spp. por microscopia directa foi de 10.9% (35/319) A faixa etária, a falta de educação formal do cuidador e a dieta da criança à base de leite artificial constituíram significantes factores de risco para aquisição da infecção. O ADN de Cryptosporidium spp. foi detectado em 35.4% (68/192) por PCR convencional e destas, a infecção por C. hominis (93.1%, 27/29) foi a mais comum, seguida por C. parvum genótipo bovino (3.45%, 1/29) e uma infecção mista com C. hominis e C. parvum genótipo bovino (3.45%, 1/29). Estes resultados sugerem que C. hominis é a maior causa da cryptosporidose em Maputo e mostram implicações importantes na saúde pública porque revela que ações de educação em saúde, melhoria das condições sanitárias e nutricionais podem reduzir de forma significativa a criptosporidose em MaputoCryptosporidium is one of the most important causes of diarrhea in children less than 2 years of age, but little is known about the molecular characterization of Cryptosporidium species in Mozambique. This study aimed to determine the frequency, associated factors and Cryptosporidium species in children admitted to two public hospitals in Maputo, Mozambique under the National Surveillance of Acute Diarrhea. We studied 319 patients 0-60 months old, admitted for acute diarrhea between April 2015 and February 2016 in Hospital Geral de Mavalane and José Macamo, in Maputo. Clinical and epidemiological characteristics were accessed using a structured questionnaire and stool samples were examined for the presence of Cryptosporidium spp. oocysts using Modified Ziehl-Neelsen staining technique. DNA was isolated from 192 samples and analyzed using Polymerase Chain Reaction (PCR) and Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) based on the Cryptosporidium 18S ribosomal RNA gene. Overall, 57.7% (184/319) were males and the median of age (InterQuartil Range, IQR) was 11.0 (7-15) months. Cryptosporidium spp. oocysts were detected in 10.97% (35/319) by direct microscopy. The caregiver\2019s age range and the lack of formal education and the child diet based on artificial milk constituted significant risk factors for acquiring the infection. Cryptosporidium spp. DNA was recovered from 35.4% (68/192) by conventional PCR and C. hominis infection (93.1%, 27/29) was the most common, followed by C. parvum bovine genotype (3.4% 1/29) and a mixed infection with C. hominis and C. parvum bovine genotype (3.4%, 1/29). These results suggest that C. hominis is the major cause of cryptosporidiosis in Maputo and show important implications for public health because it reveals that health education actions and improvements in sanitary and nutritional conditions can significantly reduce cryptosporidiosis in Maputo