Foram pesquisadas e caracterizadas bactérias de interesse em saúde pública em aves marinhas, com ênfase na detecção de diferenças de frequência entre aves migratórias e residentes no litoral brasileiro, uma vez que as aves migratórias podem contaminar o ambiente com espécies microbianas exóticas. Foram coletados, em duplicata, swabs cloacais ou de fezes, e em alguns casos, orais, oculares, traqueais e de lesões, de 122 aves marinhas, sendo 51 não arribadas e residentes; 50 arribadas e residentes; e 21 arribadas e migratórias. Vibrio sp., Aeromonas sp., Salmonella sp. e outras enterobactérias foram identificadas por métodos bioquímicos. Os perfis antigênicos de Vibrio cholerae e Salmonella sp. foram identificados por soroaglutinação; a caracterização do perfil de susceptibilidade das cepas, por difusão de disco em ágar; a detecção de genes de virulência de Vibrio sp. e Aeromonas sp. e de genes de resistência a quinolonas de Salmonella sp., por reação em cadeia da polimerase (PCR); e a identificação dos perfis de Salmonella sp., por eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Foram identificadas bactérias de importância em saúde pública, como Vibrio sp. (41%), Aeromonas sp. (21%); e Salmonella sp. (7%). Também foram identificadas outras enterobactérias, sendo Escherichia coli a espécie mais frequente (70%). Foram observadas diferenças entre aves marinhas residentes e migratórias, como o gênero Vibrio e a espécie V. cincinnatiensis, significativamente mais frequentes em aves migratórias. A maioria das cepas multirresistentes a antimicrobianos foi identificada em aves residentes. Genes de virulência foram detectados em cepas de Aeromonas sp. isoladas a partir de aves residentes e migratórias. Alguns achados importantes se destacaram: a primeira descrição de S. enterica Panama em aves marinhas; a totalidade de cepas de Salmonella resistentes, ou pelo menos intermediárias, aos antimicrobianos testados (com ênfase para a resistência a quinolonas); alta frequência de resistência à cefoxitina em Aeromonas sp.; e a resistência ao imipenem em todas as espécies bacterianas avaliadas. O PFGE sugeriu que os perfis de S. enterica Panama e Newport encontrados ainda não se encontram disseminados no Brasil e que o perfil de S. enterica Typhimurium já esteja disseminado; assim, as aves marinhas podem ser um importante elo da cadeia epidemiológica deste sorovar. O trabalho demonstrou a importância do monitoramento de bactérias em aves marinhas, tanto residentes quanto migratórias, para a detecção precoce de bactérias potencialmente zoonóticas ou que possam ser transmitidas por alimentos ao homem.Bacteria of public health interest were investigated and characterized in seabirds, with a greater interest in detecting differences in frequence among migratory and resident seabirds in the Brazilian coast, since migratory birds may contaminate the environment with exotic microbial species. For this purpose , cloacal or faecal swabs, and in some cases oral, ocular, tracheal and lesion swabs, were collected, in duplicate, from 122 seabirds, of which 51 were non-stranded and residents; 50 stranded and residents; and 21 stranded and migratory. Vibrio sp., Aeromonas sp., Salmonella sp. and other species of Enterobacteriaceae were identified through biochemical methods. Also was made: characterization of the antigenic profile of Vibrio cholerae and Salmonella sp. by serum agglutination; characterization of the susceptibility profile of the bacterial strains by agar disc diffusion technique; detection of virulence genes of Vibrio sp. and Aeromonas sp. and quinolone resistance genes of Salmonella sp. by polymerase chain reaction (PCR); and the identification of Salmonella sp. profiles by pulsed field gel electrophoresis (PFGE). Bacteria of public health importance, such as Vibrio sp. (41%), Aeromonas sp. (21%); and Salmonella sp. (7%) were identified. Other enterobacteria were also identified, with Escherichia coli being the most prevalent species (70%). Differences were observed between resident and migratory seabirds, such as the genus Vibrio and the species V. cincinnatiensis, which were more frequent in migratory birds. Most of the antimicrobial multiresistant strains were identified in resident birds. Virulence genes were detected in Aeromonas sp. strains isolated from resident and migratory seabirds. Some important findings were highlighted: the first description of S. enterica Panama in seabirds; the totality of strains of Salmonella resistant, or at least intermediate, to the antimicrobials tested (with emphasis for the resistance to quinolones); high frequency of resistance to cefoxitin in Aeromonas sp.; and resistance to imipenem in all bacterial species evaluated. The PFGE suggested that the profiles of S. enterica Panama and Newport are not yet widespread in Brazil and that the profile of S. enterica Typhimurium is already well disseminated; thus, seabirds can be an important link in the epidemiological chain of this serovar. The present study demonstrated the importance of monitoring bacteria in seabirds, both resident and migratory, for the early detection of potentially zoonotic bacteria or bacteria that could be transmitted via food to humans.