A nutrição parenteral (NP) possui grande importância clínica no tratamento e prevenção da desnutrição, que é uma causa relacionada à morbidade e à mortalidade de pacientes imunocomprometidos. As formulações de NP são elaboradas para fornecer nutrientes em doses suficientes para a necessidade diária do paciente, sendo uma mistura complexa com diversos componentes. Apesar das boas práticas de manipulação de NP estarem bem estabelecidas, a contaminação desses produtos ainda ocorre. O presente estudo teve por objetivo realizar a identificação fenotípica (provas bioquímicas convencionais e MALDI-TOF MS) e genotípica (sequenciamento dos genes rrs, atpD, gyrB, infB e rpoB, realizando-se MLSA) das cepas provenientes de NPs contaminadas, recebidas no Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde (INCQS) no período de janeiro de 2000 a dezembro de 2016. Além disso, obter um panorama sobre as características das amostras encaminhadas ao INCQS com base na análise de processos documentais, através de levantamento no sistema de genrenciamento de amostras. Foram encaminhadas ao INCQS 134 amostras de NP, oriundas de demanda espontânea, sendo 61% como modalidade fiscal e 39% como orientação. Todas as NPs foram coletadas como amostras únicas. Os motivos de apreensão foram problemas de contaminação microbiana (89%) e problemas metabólicos (11%). As amostras foram apreendidas nas regiões Sul (72%) e Sudeste (28%). Das 113 amostras que foram submetidas ao ensaio de esterilidade, aproximadamente 87% (98 amostras) estavam satisfatórias e 13% (15 amostras) insatisfatórias. O tempo entre a coleta e a entrada da amostra de NP no INCQS variou de 0 a 8 dias, sendo predominante o tempo de dois dias (60%). Seis amostras foram canceladas (4,5%). O volume da amostra variou de 3 mL a 250 mL. A distribuição por ano foi: 11,20% das amostras foram encaminhadas em 2001, 0,80% em 2005, 8,20% em 2006, 16,40% em 2007, 63,40% em 2013. No período de estudo, quatro surtos ocorridos devido à contaminação foram relatados. Foram obtidas 26 cepas provenientes de NPs contaminadas. As cepas foram identificadas como pertencentes aos complexos Enterobacter agglomerans e Enterobacter cloacae, e à espécie Rhizobium radiobacter pelas provas bioquímicas convencionais. Todos foram identificados como pertencentes à família Enterobacteriaceae e R. radiobacter pelo MALDI-TOF MS, já pelo sequenciamento do gene rrs foram identificados como Phytobacter diazotrophicus, Kosakonia spp. e Agrobacterium pusense, respectivamente. O método de MLSA confirmou a identificação de P. diazotrophicus e Kosakonia spp. A caracterização fenotípica não foi suficiente para identificar gênero e espécie. O sequenciamento do gene rrs se mostrou eficiente para identificação de P. diazotrophicus, porém, não foi eficaz para as duas cepas do gênero Kosakonia. O MLSA resultou em uma árvore filogenética com boa resolução, permitindo a identificação das cepas e verificação de uma possível nova espécie de Kosakonia. A melhoria de protocolos de identificação de bactérias de origem ambiental é necessária, visto que as mesmas podem acometer pacientes através de fluidos intravenosos, incluindo NP. Como as amostras de NP são encaminhadas ao INCQS apenas de acordo com uma demanda espontânea, não ocorre homogeneidade na análise entre os diferentes estados e regiões. Ações de vigilância sanitária (VISA) são necessárias para melhor controle e atenção às NPs produzidas no Brasil.