Caracterização genética do vírus sincicial respiratório humano no Amazonas em 2019.

dc.contributorNaveca, Felipe Gomes
dc.contributorAbdalla, Lígia Fernandes
dc.contributorNaveca, Felipe Gomes
dc.contributorSilva, Paola Resende
dc.contributorAquino, Priscila
dc.creatorNascimento, Fernanda de Oliveira
dc.date2021-11-22T18:45:34Z
dc.date2021-11-22T18:45:34Z
dc.date2021
dc.date.accessioned2023-09-26T20:09:37Z
dc.date.available2023-09-26T20:09:37Z
dc.identifierNASCIMENTO, Fernanda de Oliveira. Caracterização genética do vírus sincicial respiratório humano no Amazonas em 2019. 2021. 113 f. Dissertação (Mestrado em Biologia da Interação Patógeno-Hospedeiro) – Instituto Leônidas e Maria Deane, Fundação Oswaldo Cruz, Manaus, 2021.
dc.identifierhttps://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/49926
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/8850041
dc.descriptionO Vírus Sincicial Respiratório Humano (HRSV) é o patógeno mais detectado em casos de infecções do trato respiratório inferior em crianças menores de cinco anos, adultos imunocomprometidos e idosos. Vários surtos por HRSV vêm sendo identificados ao longo dos anos no mundo, gerando um alerta e a necessidade de reforçar a vigilância deste patógeno. O HRSV é classificado em dois grupos (HRSV-A e HRSV-B) e vários genótipos, descritos com base na variabilidade genética do gene que codifica a glicoproteína G. Nas últimas décadas novos genótipos surgiram contendo duplicações de nucleotídeos na segunda região hipervariável do gene G, como ON1 (HRSV-A) e BA (HRSV-B), substituindo os genótipos circulantes anteriores e espalhando-se globalmente. Em 2019, ainda em um período pré-pandemia de SARS-CoV-2, o Amazonas registrou um aumento significativo nos casos de Síndrome Gripal (SG) e Síndrome Respiratória Aguda Grave (SRAG), sendo o HRSV o vírus mais detectado na rotina de diagnóstico. Este estudo teve como objetivo caracterizar geneticamente o HRSV que circulou neste período no Amazonas e inferir as introduções do vírus no estado. Ao total, 57 amostras de HRSV foram obtidas entre 2019 a 2021. Dentre as amostras de 2019, 77,7% pertenciam ao HRSV-B e 13,8% a HRSV-A; e de 2020 e 2021 99% pertenciam ao HRSV-A. Destas, apenas 17 foram sequenciadas por sequenciamento de nova geração (NGS), todas referentes ao ano de 2019, sendo os genótipos ON1 (N=2) e BA9 (N=15) identificados. Essa é a primeira vez que o genótipo ON1 é descrito circulando no Amazonas. Apesar do viés amostral devido ao baixo número de genomas mundiais, as análises filogenéticas e filogeográficas discreta, revelaram que houve diferentes introduções do HRSV no estado e ambos os subtipos evoluíram de forma semelhante a um relógio estrito, com taxas médias de substituições de nucleotídeos de 6,33 x 10-4 para HRSV-A e 6, 041 x 10-4 para HRSV-B. Dessa maneira, acreditamos que este estudo venha a contribuir na vigilância genômica do HRSV no Amazonas e no Brasil, descrevendo não somente os genótipos circulantes e mutações, mas gerando os primeiros genomas completos de HRSV do norte do país.
dc.descriptionCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.
dc.descriptionThe Human Respiratory Syncytial Virus (HRSV) is the most detected pathogen in cases of lower respiratory tract infections in children under five years of age, immunocompromised adults and the elderly. Several proven HRSV outbreaks have been identified over the years in the world, generating an alert and the need to reinforce surveillance of this pathogen. HRSV is classified into two groups (HRSV-A and HRSV-B) and many genotypes, based on the genetic variability of the gene encoding the G glycoprotein. In recent decades, new genotypes have emerged containing nucleotide duplications in the second hypervariable region of the G gene, as the ON1 (HRSV-A) and BA (HRSV-B), replacing the previous circulating genotypes and spreading globally. In 2019, still in a pre-pandemic period of SARS-CoV-2, the state of Amazonas registered a significant increase in the cases of Flu Syndrome (SG) and Severe Acute Respiratory Syndrome (SRAG), with HRSV being the most detected virus in the routine of diagnosis. This study aimed to genetically characterize the HRSV that circulated during this period in Amazonas and to infer how the virus was introduced in the state. In total, 57 were from HRSV were pushed between 2019 to 2021. Among as of 2019, 77.7% belonged to HRSV-B and 13.8% to HRSV-A; and from 2020 and 2021 99% belonged to the HRSV-A. Of these, only 17 were sequenced by next generation sequencing (NGS), all referring to the year 2019, with the ON1 (N = 2) and BA9 (N = 15) genotypes identified. This is the first time that the ON1 genotype is described circulating in Amazonas. Despite the sampling bias due to the low number of genomes worldwide, discrete phylogenetic and phylogeographic analyzes revealed that there were different introductions of HRSV in the state and both subtypes evolved similarly to a strict clock, with mean rates of nucleotide substitutions of 6, 33 x10-4 for HRSV-A and 6.041 x10-4 for HRSV-B. Thus, we believe that this study will contribute to HRSV genomic surveillance in Amazonas and Brazil, describing not only the circulating genotypes and mutations, but generating the first complete HRSV genomes in the north of the country.
dc.formatapplication/pdf
dc.languagepor
dc.rightsopen access
dc.subjectVírus Sincicial Respiratório Humano;
dc.subjectGlicoproteína G;
dc.subjectVigilância genômica;
dc.subjectNGS;
dc.subjectFilogenia.
dc.subjectRespiratory Virus;
dc.subjectHuman Respiratory Syncytial Virus;
dc.subjectGlycoprotein G;
dc.subjectGenomic surveillance;
dc.subjectPhylogenetic analyses.
dc.subjectVírus sincicial respiratório.
dc.subjectFilogenia.
dc.titleCaracterização genética do vírus sincicial respiratório humano no Amazonas em 2019.
dc.typeDissertation


Este ítem pertenece a la siguiente institución