O estudo apresenta o perfil da Gestão da Assistência Farmacêutica (AF) em 16 Municípios da Região Sudeste do Brasil, em desenho transversal e descritivo, e mediante estudo de casos. O conjunto de municípios foi composto por cidades de grande e médio porte com características específicas e dissemelhantes, em relação a indicadores sociodemográficos e de saúde, mas todos com alto grau de dependência das transferências federais. Dezesseis gestores da AF Municipal foram entrevistados por meio de questionário semiestruturado com abordagem quantitativa quanto a Insumos, Atividades e Organização da AF na rotina da gestão e para atendimento às solicitações de medicamentos por demandas judiciais e processos administrativos. A análise foi composta por matriz com 31 indicadores, adaptados da literatura, e elenco de critérios subjetivos de julgamento ao cumprimento desses indicadores. Compuseram ainda a análise dados de bancos secundários como SIOPS, SAGESUS, SARGSUS, Portal da Transparência dos respectivos Estados, IBGE e DATASUS. A Gestão da Assistência Farmacêutica foi classificada de acordo com a seguinte graduação: Satisfatória, Regular, Deficiente, Inadequada. Somente 25% dos municípios possuíam comissão de farmácia e terapêutica (CFT), 31% dos municípios elaboravam suas próprias listas de medicamentos essenciais, 68% dos gestores adotavam apenas um (1) critério para a programação de medicamentos. Foram relatadas compras emergenciais em 62% dos municípios, e 93% não souberam informar quais critérios foram utilizados para a aquisição de medicamentos. Em 56% dos municípios a gestão da AF era a responsável pelo cumprimento às demandas judiciais, mas em 62% os gestores não souberam informar os valores mobilizados para esse atendimento e em 43% não souberam informar a modalidade de aquisição. Um aspecto positivo foi presença do gestor farmacêutico em todos os municípios, embora em nenhum fosse verificada a presença de farmacêuticos em todas as unidades de saúde na dispensação de medicamentos. Cerca de 25% dos municípios não conseguiram pontuar nos quesitos para as atividades essenciais da AF. A mesma porcentagem foi observada quanto ao conhecimento dos gestores sobre repasses financeiros referentes ao Bloco de financiamento da AF Básica. Nenhum município alcançou pontuação para classificação Gestão Satisfatória; 56% dos municípios apresentaram Gestão Inadequada, 31% Deficiente e 12% Regular. Infere-se um perfil de gestão desarticulada com a gestão municipal, com falhas e deficiências nos processos de trabalho, que desfavorecem a garantia aos serviços farmacêuticos com qualidade, comprometem a situação de saúde dos usuários e propiciam a instalação crescente de solicitação de medicamentos por via judicial e administrativa.The study presents the Pharmaceutical Services Management profile in 16 municipalities in Southeastern Brazil by means of a cross sectional and descriptive design, followed by a case study for in-depth analysis. Medium and large-sized municipalities with distinct characteristics in relation to sociodemographic and health indicators were included. All presented deep dependence on federal funds. Sixteen Pharmaceutical Services managers were interviewed. A semi-structured questionnaire with a quantitative approach encompassed Resources, Activities and Organization of Pharmaceutical Services in routine management as well as procedures for meeting requirements of judicial demands and of administrative processes for access to medicines. An analytical framework composed by 31 indicators was adapted from the literature. Analysis was based on a series of subjective judgement criteria and also included public secondary data from SIOPS, SAGESUS, SARGSUS, transparency portals of the respective states, IBGE and DATASUS. Management was graded according to four categories: Satisfactory, Regular, Deficient, Inadequate. Only 25% of municipalities presented a Pharmacy and Therapeutics Committee, 31% formulated their own essential medicines lists and 68% of managers adopted a single criterion for medicines forecasting. Emergency procurement happened in 62% of municipalities and in 93% managers did not know which criteria were used for procurement. Pharmaceutical Services management was responsible for meeting judicial demands for medicines in 56% of municipalities, but in 62% managers were unable to inform related costs and in 43% managers did not know how these medicines were procured. All municipalities presented a pharmacist as manager, but none presented a pharmacist in all the dispensing outlets. 25% of municipalities were unable to attain marks for core Pharmaceutical Services and the same proportion was observed for managers´ knowledge on federal funding for the Primary Health Care medicines component. No municipality attained markings for Satisfactory management. 56% presented Inadequate management, 31% Deficient, and 12% were classified as Regular. Management of Pharmaceutical Services is mostly disconnected from health management in municipalities, with caveats in work processes, which hamper quality pharmaceutical services, compromise health of users and favor spread of judicial and administrative demands for medicines.