Objetivo: Determinar la prevalencia de las infecciones por los virus de la hepatitis B (VHB) y C (VHC), así como los factores de riesgo asociados a su adquisición en personal militar clínicamente sano. Método: Estudio transversal, analítico y correlacional. La población estuvo conformada por militares de la Fuerza Aérea del Perú en actividad, clínicamente sanos que acudieron voluntariamente a un programa de despistaje de Octubre a Diciembre del 2007. Se evaluaron los marcadores Ag-HBs y anti-HBc del VHB y anti-VHC del VHC. Resultados: De los 3343 militares estudiados, el 93.2% (3116) fueron del sexo masculino y el 6.8% (227) del sexo femenino, con una edad promedio de 38.9 ± 8.6 años (rango, 18 a 60 años), siendo en su mayoría suboficiales (79.5%). Se encontró una prevalencia de Ag-HBs de 0.33% y de anti-HBc de 0.58%, mientras que la prevalencia de anti-VHC fue de 0.21%. El factor de riesgo asociado a la infección crónica por VHB (Ag-HBs) fue la conducta sexual de riesgo (OR: 8.3; IC 95%:1.6-42.4 y p=0.01). En cambio, para la infección pasada por VHB (anti-HBc) los factores de riesgo asociados fueron la conducta sexual de riesgo (OR: 6.3; IC 95%:1.7-23.4 y p=0.006), y el uso de tatuajes (OR: 5.5; IC 95%:1.2-25.8 y p=0.031). No se encontró ninguna asociación entre los factores de riesgo estudiados y la seropositividad por VHC. Conclusiones: Encontramos una baja prevalencia de los marcadores serológicos de infección por hepatitis virales B y C en el personal militar en actividad. Los factores de riesgo asociados a la infección por VHB fueron la conducta sexual de riesgo y el uso de tatuajes. No se encontró ningún factor de riesgo asociado a la infección por VHC en esta población.