INTRODUCCION Observar microscópicamente la mucosa ileal de pacientes con diarrea crónica y encontrarla invadida por linfomononucleares, pese a lo normal de su aspecto endoscópico, motivó llamar a este hallazgo ileitis microscópica. Esta investigación responde a ¿está la ileitis microscópica asociada a diarrea crónica? MATERIAL Y METODOS Se buscó ileitis microscópica en 30 pacientes con diarrea crónica y 30 sin ella, según diseño de casos y controles apareados por sexo y edad con patólogo y endoscopistas ciegos a la condición de los participantes. Se calculó el OR mediante regresión logística condicionada. Adicionalmente, se hicieron mediciones sanguíneas de ácido fólico y vitamina B12 como señalizadores del segmento intestinal mal absorbente. RESULTADOS Se encontró ileitis microscópica en 27 de 30 casos y en 6 de 30 controles. El análisis estadístico encontró un OR 21 [IC 95% 2,83-156.1] p = 0,003. Los casos mostraron un ácido fólico promedio subnormal pero una vitamina B12 normal. CONCLUSION La ileitis microscópica está fuertemente asociada y muy probablemente de modo causal a la diarrea crónica. La ileitis microscópica expresaría la concurrencia de varios procesos desencadenados por una sobreactividad simpática que, promoviendo el colapso funcional del epitelio, origina una diarrea crónica malabsortiva.