Objetivo: Determinar los gérmenes más frecuentes causantes de infecciones en recién nacidos hospitalizados y la susceptibilidad antimicrobiana. Material y Métodos: Revisión de historias clínicas del Servicio de Neonatología del Instituto de Salud del Niño (Lima, Perú) y resultados de cultivos positivos y antibiogramas, desde junio de 1999 hasta mayo de 2002. Resultados: Durante el periodo de estudio hubo 94 pacientes con sepsis confirmada; de ellos se obtuvo 161 muestras (sangre, orina, catéteres EV, entre otras). Los gérmenes más frecuentes fueron: Staphylococcus epidermidis (38,3%), Staphylococcus aureus (12%), Klebsiella sp (10%), Alcaligenes fecalis (4,6%), Acinetobacter sp (4%) y Pseudomonas aeruginosa (4%). S. epidermidis mostró sensibilidad de 100% a vancomicina, 90% a cefotaxima, 50% a amikacina y ampicilina y 37% a oxacilina. Klebsiella mostró sensibilidad de 100% a ciprofloxacina e imipenen, 44% a ceftriaxona, 20% a ceftazidima y 14% a ampicilina; la resistencia a amikacina fue del 100%. S. aureus mostró sensibilidad de 100% a vancomicina, 57% a cefotaxima y 33% a oxacilina. Conclusiones: Las bacterias gram positivas son las más frecuentes como causa de sepsis neonatal. In vitro, los gérmenes más frecuentes muestran resistencia mayor de 50% a ampicilina y amikacina; y vancomicina es el antibiótico al cual muestran mayor susceptibilidad las especies de Staphylococcus.