RESUMEN El uso prolongado de fertilizantes químicos sintéticos produce efectos negativos en la fertilidad del suelo. Como alternativa, en los últimos años se ha propuesto la utilización de microorganismos en la agricultura. El objetivo de este ensayo fue evaluar la eficiencia agronómica de aislados de microorganismos de diferentes suelos con cultivos nativos andinos, en la germinación y el crecimiento de plántulas de tomate y lechuga. Para ello se aislaron y seleccionaron bacterias fijadoras de nitrógeno de vida libre utilizando medio Ashby en suelos y rizosfera de cultivos de amaranto (Amaranthus quitensis Kunth), mora (Rubus glaucus Bentham), zanahoria blanca (Arracacia xanthorriza Bancr.) y mashua (Tropaeolum tuberosum Ruiz & Pav.). Posteriormente se realizaron pruebas fisiológicas y bioquímicas para seleccionar las bacterias que se asemejaban al género Azotobacter sp., y se inocularon en cultivos en invernadero de lechuga y tomate, de febrero a abril de 2018, donde se midieron los días a la germinación, altura de la planta, número de hojas, y se realizó un análisis de varianza y test de Tukey para evaluar si existían diferencias estadísticas entre los tratamientos. En la inoculación de 3 cepas en el cultivo del tomate se observó un adelanto significativo en el tiempo de germinación de 3-4 días. En 9 de los tratamientos se constató un aumento significativo en la altura de la planta tanto de tomate como de lechuga y el número de hojas aumentó significativamente en 6 tratamientos de lechuga y 3 de tomate. La cepa bacteriana que mejores resultados obtuvo fue aislada en la rizosfera del cultivo de mora.