Los menores de cinco años de edad se afectan por la falta de alimentos adecuados mucho más rápido que a edades superiores por las demandas del crecimiento. El objetivo fue evaluar la situación nutricional de niños menores de cinco años de comunidades rurales, indígenas y no indígenas. Previo consentimiento informado de los padres o tutores, fueron evaluados 226 niños menores de cinco años de ambos sexos, 117 indígenas y 109 no indígenas según indicadores antropométricos de malnutrición por defecto y por exceso. Se aplicó una encuesta para obtener información de las características sociodemográficas y hábitos alimentarios. En niños indígenas y no indígenas la prevalencia de desnutrición global fue de 2,4 % y 2,6 %, riesgo de desnutrición 22% y 5,1%, desnutrición crónica 35,9% y 12,8%, sobrepeso 28,9% y 12,9%, respectivamente. Se observó un consumo frecuente de frutas en ambas poblaciones, seguida del consumo de proteína vegetal en población indígena y de proteína animal en los no indígenas. El 69,2% de los niños indígenas y el 3,7% de los niños no indígenas vivían en la pobreza extrema. Los principales problemas nutricionales encontrados fueron la desnutrición crónica, el riesgo de desnutrición y el sobrepeso. Los niños más fuertemente afectados son los indígenas, que sobreviven en difíciles condiciones socioeconómicas.