Resumen: En este artículo se describen y comparan la estructura y la directiva de trabajo de la función de inteligencia en Ecuador en las gestiones presidenciales de León Febres Cordero y Rafael Correa Delgado. Al comparar dos periodos que institucionalizaron fuertemente la función de inteligencia ecuatoriana, el objetivo es dar cuenta sistemáticamente de sus similitudes y diferencias. A través de una metodología de base comparativa, limitada por la clasificación de las fuentes primarias, característica del estudio de los sistemas de inteligencia, se trabaja desde una perspectiva institucionalista, que supera la esfera normativa e incluye el análisis de prácticas no declaradas. Se concluye que los periodos analizados coinciden en una fuerte capacidad de determinación de la agenda por parte del ejecutivo, que por distintos motivos se enfocó en enemigos internos. Además, bajo un marco legal incapaz de establecer controles horizontales a la actividad. Por otro lado, las diferencias encontradas residen en el aspecto económico y en el beneficiario directo de la agenda de trabajo.