Resumen: Para determinar la desnaturalización que sufren las proteínas de la leche por los efectos del tratamiento térmico en la pasteurización y establecer su influencia en el rendimiento del queso fresco fabricado, se hicieron 20 producciones a escala de laboratorio y 40 producciones en planta. Se empleó leche cruda y tratada a 65 °C por 30 minutos, 72 °C por 15 segundos y a ebullición por 2 segundos, y se cuantificó la proteína en la leche para calcular el porcentaje de desnaturalización. En el queso se determinó el contenido de humedad y se cuantificó la cantidad de queso obtenido. Los datos fueron procesados mediante análisis de medias de Tukey. Los resultados a nivel de laboratorio reflejaron que el incremento de temperatura provocó mayor desnaturalización de las proteínas, un mayor rendimiento y un aumento de humedad en el queso en relación al obtenido con la leche cruda. Sin embargo, estadísticamente los resultados demostraron que el tratamiento térmico sí influye en la desnaturalización de las proteínas pero no en el rendimiento del queso. Los resultados obtenidos en la investigación en fábrica revelaron que a temperatura de 65 y 72 °C el rendimiento disminuye con relación a la producción con leche cruda, pero estadísticamente no presenta diferencias significativas en el rendimiento para leche pasteurizada a 65 °C por 30 minutos y la leche cruda, concluyendo que la pasteurización a diferentes temperaturas desnaturalizan la proteína pero no influye en el rendimiento del queso fresco elaborado.