OBJETIVOS: Describir las dificultades para obtener información de oferta, uso, cobertura, saneamiento básico y afiliación a la seguridad social en salud en una muestra de municipios colombianos para el período 1991-2000 y hacer un análisis de la disponibilidad de información en los municipios por estado de certificación y categorías de desarrollo municipal. MÉTODOS: Se realizó un estudio analítico de corte transversal en una muestra aleatoria estratificada de 495 municipios colombianos, en el cual se solicitó información de interés a nivel de las secretarías departamentales y municipales de salud que se complementó con información de fuentes nacionales. Para los datos solicitados a nivel territorial se construyó un indicador de disponibilidad de información. Para establecer si había diferencias en la disponibilidad de información según estado de certificación y categoría municipal, se utilizaron pruebas estadísticas no paramétricas. RESULTADOS: La aplicación del indicador mostró 51% de disponibilidad de información de las variables de oferta, 39% de las de uso y 45% de información total (oferta y uso). En 32% de los municipios no fue posible obtener información. La disponibilidad de información fue mayor en los municipios no certificados y de menor desarrollo socioeconómico. CONCLUSIONES: Los hallazgos del estudio proveen evidencia indirecta de importantes carencias en los sistemas de información locales y departamentales, que se constituyen en obstáculos no sólo para la gestión y evaluación de los servicios de salud sino para realizar investigación y generar conocimiento.