Resumen Objetivo: Determinar el curso de infecciones virales por un periodo de un año, mediante la medición de la carga viral de Adenovirus, virus BK, virus Epstein-Barr, Citomegalovirus y Herpesvirus humano 6, en 30 pacientes del Hospital San Juan de Dios, sometidos a trasplante de riñón o células progenitoras hematopoyéticas. Métodos: Se determinaron las cargas virales en diez muestras de sangre por paciente: una muestra pretransplante, ocho muestras obtenidas cada dos semanas postrasplante y una última muestra a los seis meses posteriores al trasplante. La cuantificación de los virus se realizó por reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real y, solo en el caso del Adenovirus, por reacción en cadena de la polimerasa de punto final. También se determinaron los genotipos de Citomegalovirus en los pacientes positivos para este virus, utilizando una reacción en cadena de la polimerasa dirigida al gen de la glicoproteína B y secuenciación de los fragmentos amplificados. Las secuencias obtenidas fueron comparadas y alineadas con una secuencia de referencia, utilizando el programa Clustal Omega. Resultados: Al 77 % de los pacientes se les detectó al menos uno de los cinco virus analizados y el virus con mayor prevalencia fue el Citomegalovirus, con un 57% de positividad del total de la población. El genotipo de Citomegalovirus que más se detectó fue el genotipo 3. Se monitoreó el comportamiento de las cargas virales para cada virus analizado y la proporción de su incidencia entre pacientes masculinos y femeninos. Conclusiones: La cuantificación y caracterización de virus en pacientes de trasplante, permite un mejor manejo clínico del paciente con infecciones oportunistas y también un manejo más adecuado de las terapias farmacológicas.