La leptospirosis es una enfermedad zoonótica de distribución mundial, con mayor frecuencia en los países tropicales. Algunos roedores, y entre ellos Mus musculus o ratón casero, son portadores crónicos asintomáticos de Leptospira spp. patógenas, debido a que alojan la bacteria en sus riñones y la diseminan al ambiente a través de la orina. El presente trabajo tuvo como objetivo detectar molecularmente Leptospira spp. patógenas en riñones extraídos de M. musculus en el municipio de Sincelejo (Sucre, Colombia). La captura de los roedores se realizó en el área urbana del municipio; se instalaron trampas tipo Sherman® intra y peridomicilio en el segundo periodo de 2010 y el primero de 2011 por un lapso de 14 y 15 horas. Durante la necropsia se retiró los riñones de los individuos para la extracción de ADN y análisis de PCR para la amplificación del segmento génico de 423pb entre las posiciones 270 y 692 de la región codificante LipL32. Se capturaron 154 individuos, de los cuales 5 fueron positivos para Leptospira spp. patógenas. El análisis de correspondencias mostró que los ratones positivos se encuentran mayoritariamente en la comuna 2, seguido por la comuna 4 del municipio. El estudio sugiere que el saneamiento básico establece ambientes propicios para que se presente el proceso epidemiológico de la bacteria, y se demuestra la circulación de Leptospira spp. patógenas en M. musculus en el municipio de Sincelejo. Por lo que se infiere que la infestación de roedores en la zona de estudio es fuente potencial de transmisión de leptospiras patógenas para el ser humano, que es susceptible a todas las especies patógenas del género.Leptospirosis is a zoonotic disease of worldwide distribution with more frequency in tropical countries. Some rodents and among them the Mus musculus or house mouse are asymptomatic chronic carriers of pathogenic Leptospira spp because they have them in their kidneys and spread it to the environment through the urine. This study aimed to detect Leptospira spp molecularly in kidneys removed from M. musculus in the municipality of Sincelejo (Sucre, Colombia). The capture of rodents was conducted in the urban area of the city: intra and peridomiciliar Sherman® traps were installed in the second quarter of 2010 and the first quarter of 2011 for 14 to 15 hours. During the necropsy the kidneys of individuals were removed for DNA extraction and PCR analysis for the amplification of the 423 pb gene segment between positions 270 and 692 of the coding region LipL32. A total of 154 individuals were captured, of which five were positive for pathogenic Leptospira spp. The correlation analysis showed that mice are mostly positive in commune 2, followed by commune 4 in the municipality. The study suggests that basic sanitation establishes favorable environments for the epidemiological process of the bacteria and the circulation of pathogenic Leptospira spp. in M. musculus is demonstrated in the municipality of Sincelejo. It is inferred that rodent infestation in the studied area is a potential source for the transmission of pathogenic Leptospira spp. to human beings, which is susceptible to all pathogenic species of the genus.