Caracterização fenotípica e genotípica de isolados clínicos de Staphylococcus aureus resistentes à oxacilina (MRSA) provenientes de atendimento em unidade de emergência hospitalar de alta complexidade

Abstract

Objectives: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) are common colonizers of the skin and mucous membranes in healthy individuals. When infectious, MRSA can be classified as HA-MRSA, if hospital or healthcare associated, or as CA-MRSA, when no hospital or healthcare associated origin is identified. Understanding CA-MRSA epidemiology may benefit from simpler and easier methods to predict its prevalence. This study aimed to analyze the phenotypic and genotypic profiles of emergency unit MRSA isolates. Material and methods: The selection of samples was carried out through the analysis of a database. For inclusion in the project, the samples should have been identified as Staphylococcus aureus and had an antibiogram including at least Clindamycin and Sulfamethoxazole + Trimethoprim. Subsequently, the identification of strains was confirmed by the MALDI-TOF technique and subjected to susceptibility tests by the Kirby-Bauer technique for the antimicrobials Clindamycin, Sulfamethoxazole + Trimethoprim and Ceftaroline. The presence of the lukF gene was analyzed using the protocol by Johnsson et al. (2004) and mecA gene and SCCmec types using the protocol by Zhang et al. (2009). Subsequently, comparative analyses were performed between the results obtained by disk-diffusion and automated procedure (BD Phoenix ™) for reliability purposes. Also, analyses correlating SCCmec types categorized as potential HA- or CA-MRSA were compared with susceptibility profiles for Clindamycin and Sulfamethoxazole + Trimethoprim, in order to determine which phenotypic profile could best predict for specific SCCmec types. Results: When performing susceptibility tests to antimicrobials in 122 isolates, 39.5% were susceptible to Clindamycin, 57.4% to Sulfametoxazole + Trimethoprim and 88.5% to Ceftaroline. 6,55%presented lukF virulence gene (PVL). 107 isolates showed only one SCCmec type, while eleven strains were not typable and four strains presented more than one SCCmec types. Non typable samples or samples with more than one SCCmec types were sent for whole genome sequencing (partnership with Harvard University). Ceftaroline was excluded from sensitivity statistical analysis because both categories, CA- and HAMRSA, were equally susceptible to it. Of 107 MRSA isolates, 72% had SCCmecxviii I, II or III and 28% SCCmec IV. The comparative statistical analysis between susceptibility profiles by disk-diffusion and automated method showed a result with low agreement for both antimicrobials. The sensisitivity analyses for phenotypic and genotypic comparisons showed that isolates susceptible to Clindamycin presented 88.5% PPV, 91.4%NPV, 76.7% sensitivity, 96.1% specificity, and 0.8% likelihood ratio associated to SCCmec types IV or V. Isolates susceptible to Sulfamethoxazole + Trimethoprim showed lower PPV (26.2%), NPV (69%), sensitivity (56.7%), and specifici

Objetivos: Staphylococcus aureus resistente à meticilina (MRSA) é comum em pele e mucosas de indivíduos saudáveis, podendo ser classificada em HAMRSA, quando de origem hospitalar, e CA-MRSA, quando de origem comunitária. O conhecimento sobre o perfil epidemiológico CA-MRSA pode se beneficiar de métodos mais simples e fáceis de prever sua prevalência. Este estudo teve como objetivo analisar os perfis fenotípicos e genotípicos de MRSA de unidade de emergência, correlacionando-os entre si. Material e métodos: A seleção de amostras foi realizada através da análise de um banco de dados de amostras provenientes de rotina hospitalar do Hospital São Paulo. Para inclusão no projeto as amostras deveriam ser identificadas como Staphylococcus aureus e apresentar perfil de sensibilidade aos antimicrobianos Clindamicina e Sulfametoxazol + Trimetoprima no banco de dados. Posteriormente foi confirmada a identificação das cepas pela técnica de MALDI-TOF e submetidas a testes de sensibilidade pela técnica de Kirby-Bauer para os antimicrobianos Clindamicina, Sulfametoxazol + Trimetoprima e Ceftarolina. Foi analisada a presença dos genes lukF, pelo protocolo de Johnsson et al. (2004) e mecA, juntamente com a tipagem molecular de SCCmec, pelo protocolo de Zhang et al. (2009). Posteriormente foram realizadas análises estatísticas comparativas entre os resultados obtidos por disco-difusão e procedimento automatizado (BD Phoenix™) avaliando a confiabilidade e, também, análises estatísticas correlacionando a tipagem de SCCmec com o perfil de sensibilidade a fim de determinar qual o melhor perfil sensibilidade preditor de SCCmec. Resultados: Ao realizar testes de sensibilidade aos antimicrobianos em 122 isolados, 39,5% apresentou sensibilidade à Clindamicina, 57,4% ao Sulfametoxazol + Trimetoprim e 88,5% à Ceftarolina. 6,55% apresentaram gene de virulência lukF (PVL). 107 isolados apresentaram apenas um tipo de SCCmec, enquanto que onze cepas não foram tipáveis pelo protocolo de Zhang et al. (2009) e quatro cepas apresentaram mais de um tipo de SCCmec. As amostras com mais de um tipo de SCCmec e não tipáveis por Zhang et al. (2009) foram enviadas para sequenciamento completo em parceria com a Universidade de Harvard. A Ceftarolina foi excluída da análise estatística por apresentar sensibilidade tantoxvi a cepas categorizadas geneticamente como CA-MRSA quanto a HA-MRSA. Dos 107 isolados de MRSA, 72% apresentaram SCCmec I, II ou III e 28% SCCmec IV. A análise estatística comparativa entre perfis de sensibilidade por disco-difusão e automatizado apresentou resultado com baixa concordância para ambos antimicrobianos. Isolados suscetíveis à Clindamicina apresentaram VPP de 88,5% e VPN de 91,4%, com sensibilidade de 76,7%, especificidade de 96,1%, e razão de verossimilhança de 0,8% para prever perfis de SCCmec tipo IV ou V enquanto que isolados suscetíveis a Sulfametoxazol + Trimetoprima apresentaram mais baixos, VPP 26,2%, VPN 69%, com sensibilidade 56,7%, especificidade 37,7% e razão de verossimilhança 0,6%. A correlação entre ambas as drogas apresentou VPP 92,3%, VPN 80,9%, sensibilidade 40%, especificidade 98,7% e razão de verossimilhança 0,4%. Conclusão: Isolados caracterizados como CA-MRSA, comumente associados aos SCCmec IV e V, são frequentemente susceptíveis a outros antimicrobianos exceto os beta-lactâmicos, dentre os quais Clindamicina e Sulfametoxazol + Trimetoprima. Neste estudo, os perfis de sensibilidade ao