The basis of any health care is recorded in medical records, in which health information in the care process serves the health professional to determine the appropriate conduct. This work aims to propose a guide protocol to plan, organize and implement an electronic medical record considering the flows of care and organization of data from clinical schools at UFRN. The construction of the protocol was given by the Double Diamond methodology, following the four steps: Discovery, Definition, Development and Delivery. The protocol resulted in a categorization of three types of data: Socioeconomic, Basic Health and Care. This division optimizes the care processes and collaborates in a more organized structure within the medical record, facilitating the correct identification of the type of data that the Health Professional needs. The protocol was implemented in the SigSaúde project and is being used by some UFRN teaching clinics.A base de qualquer atendimento na saúde é registrada em prontuários, em que as informações de saúde no processo de atendimento servem ao profissional de saúde para determinar a conduta adequada. Esse trabalho tem como objetivo propor um protocolo guia para planejar, organizar e implementar um prontuário eletrônico considerando os fluxos de atendimento e organização dos dados das clínicas escolas da UFRN. A construção do protocolo foi dada pela metodologia Double Diamond, seguindo os quatro passos: Descoberta, Definição, Desenvolvimento e Entrega. O protocolo resultou numa categorização de três tipos de dados: Socieconomicos, Básicos de Saúde e Atendimento. Essa divisão otimiza os processos de atendimento e colabora numa estrutura mais organizada dentro do prontuário, facilitando a identificação correta do tipo de dado que o Profissional de Saúde precisa. O protocolo foi implementado no projeto SigSaúde e está sendo usado por algumas clínicas escolas da UFRN.