Hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) can cause adverse effects in the oral environment that can affect the patient's response to treatment and prognosis. Thereby, this study aimed to identify the most prevalent oral alterations during the period of hospitalization for the performance of HSCT, to analyze the development time of these alterations in this period, as well as the factors associated with the development of these alterations. It was an observational, longitudinal, cohort study, carried out on patients assisted by the bone marrow transplant sector in a main hospital in Rio Grande do Norte between December 2021 and June 2022. Data about oral physical examination, diagnosis of hematological disorder, type of transplant, comorbidities, chemotherapy protocols and oral risk factors of patients obtained during the HSCT period were submitted to statistics tests to estimate the time of oral changes' onset and association of risk factors. The statistical significance adopted was 5%. 57.7% of the 30 selected patients were male, with a median age of 35 years, where 93.3% developed some oral alteration and 53.3% started treatment with some individual risk factor. The most frequent neoplasms were leukemias (myeloid and lymphoid) and multiple myeloma (23.3% each). FluBuMel was the most commonly used conditioning protocol (46.7%). The most frequent oral alteration was buccal mucosa edema (83.3%) followed by oral mucositis (80%; grade 1–54.2%). The follow-up time was on average 23 days and it was found that on the 5th day of hospitalization, the probability of the patient being free of alterations was 93.3%, with this rate decreasing over time, reaching 6.7% on the 28th day. The Mel200 protocol is associated with earlier development of alterations (p=0.02), as well as autologous transplantation (p=0.004). The results suggest that the time of onset oral alterations is affected by the type of transplant and chemotherapy conditioning protocol and, additionally, reinforce that the alterations’ severity are positively affected by the presence of a dentist in the team.O transplante de células-tronco hematoiéticas (TCTH) pode causar efeitos adversos no meio ambiente bucal, podendo influenciar a resposta do paciente ao tratamento e, consequentemente, no prognóstico. Este estudo objetivou identificar as alterações bucais mais prevalentes durante o período de internação para a realização do TCTH, analisar o tempo de desenvolvimento destas alterações neste mesmo período, bem como os fatores inerentes ao paciente e ao TCTH associados ao desenvolvimento destas alterações. Tratou-se de um estudo observacional, longitudinal, do tipo coorte, realizado em 30 pacientes assistidos pelo setor de transplante de medula óssea em um hospital de referência no Rio Grande do entre dezembro de 2021 a junho de 2022. Os dados sobre o exame físico bucal, diagnóstico da desordem hematológica, o tipo de transplante, as comorbidades, os protocolos quimioterápicos e os fatores de risco individuais dos pacientes no período do TCTH obtidos foram submetidos a testes estatísticos para estimar o tempo de surgimento das alterações e associação de fatores de risco. A significância estatística adotada foi de 5%. Dos 30 pacientes selecionados, 56,7% eram do sexo masculino, mediana de 35 anos, no qual 93,3% desenvolveram alguma alteração bucal e 53,3% iniciaram o tratamento com algum fator de risco bucal. As desordens hematológicas mais frequentes foram as leucemias (mieloide e linfoide) e os mielomas múltiplos (23,3% cada). O FluBuMel foi o protocolo de condicionamento mais utilizado (46,7%). A alteração bucal mais frequente foi o edema de mucosa jugal (83,3%) seguida da mucosite oral (80%; grau 01 - 54,2%). O tempo de seguimento foi em média 23 dias e, foi verificado que no 5.º dia de internação a probabilidade do paciente estar livre de alterações bucais foi de 93,3%, com essa taxa diminuindo ao longo do tempo, atingindo 6,7% no 28.º dia. O protocolo Mel200 foi associado ao desenvolvimento mais precoce das alterações bucais (p=0,02), assim como o transplante do tipo autólogo (p=0,004). Nossos resultados sugerem que o tempo de surgimento das alterações bucais é influenciado pelo tipo de transplante e protocolo de condicionamento quimioterápico e, adicionalmente, reforçam que a presença de um cirurgiã-dentista na equipe influencia positivamente no controle da severidade das alterações bucais.