El procesamiento digital de im?genes aplicado al ?rea biom?dica se ha convertido en una herramienta indispensable para la obtenci?n de informaci?n m?dica, favoreciendo la fiabilidad de la diagnosis. La Neurocisticercosis es una enfermedad infecciosa conocida por ocasionar la aparici?n de quistes en el cerebro. El estudio de medicamentos para combatirla se realiza sobre modelos animales como el cerdo, dado que por ?tica no es posible hacerlo originalmente en el ser humano. Normalmente, el estudio se hace sobre im?genes de microscop?a de cortes del cerebro del animal. Recientemente se ha propuesto el uso de im?genes de resonancia magn?tica para su estudio, pero el an?lisis es generalmente complejo debido a movimientos indeseados del cerdo, lo cual no permite realizar adquisiciones de alta resoluci?n. Actualmente no existe un m?todo que permita realizar un an?lisis r?pido y eficiente de las im?genes de resonancia magn?tica de la cabeza del cerdo con el fin de obtener informaci?n valiosa para comprobar la efectividad de los medicamentos en el tratamiento de dicha enfermedad; as? los an?lisis se realizan manualmente, lo cual conlleva una gran cantidad de esfuerzo y tiempo. De ah? la importancia de dise?ar un m?todo basado en t?cnicas de procesamiento de im?genes, que permita identificar la cantidad de quistes presentes en el cerebro y su volumen para evaluar la efectividad del tratamiento. En este trabajo se describe el m?todo desarrollado en lenguaje de programaci?n Java aplicado al software libre de procesamiento de im?genes ImageJ para obtener el n?mero y volumen de los quistes.The digital processing of images applied to the biomedical area has become an indispensable tool for better medical information extracting, assisting reliable diagnosis. Neurocysticercosis is an infectious disease known to cause the presence of cysts in the brain. The most frequent symptoms are convulsions and headache. The study of drugs to combat this disease is carried out on animal models such as pigs, given that for ethical reasons it is not originally possible to do it on human being. Normally, the study is done on microscopic images of different cuts of the brain of the animal. Recently, the use of magnetic resonance imaging has been proposed for study, but the analysis is generally complex due to unwanted pig movements, which does not allow high-resolution acquisitions. Currently, there is no method that allows a quick and efficient analysis from the magnetic resonance images of the pig's head in order to obtain valuable information to prove the effectiveness of medicines in the treatment of this disease; thus the analyses are performed manually, which takes a great amount of effort and time. Hence the importance of designing a method based on image processing techniques to identify the amount of cysts presents in the brain and its volume to evaluate the effectiveness of the treatment. Thus, this work describes the method developed in Java programming language applied to the free image processing software ImageJ to obtain the number and volume of cysts.