El ANALC concede un lugar especial a la solución de controversias y emplea varios mecanismos innovadores para la solución de conflictos tanto a nivel público como privado. Respecto de controversias públicas, los mecanismos de solución de conflictos incluyen, por ejemplo, revisión por parte de un tribunal bi-nacional a las decisiones sobre dumping y derechos compensatorios (countervailling) en el Capítulo 19, consulta, buenos oficios y mediación por parte de la Comisión de Libre Comercio, y arbitraje en el Capítulo 20. En el campo de las controversias comerciales privadas, el Artículo 2022 del ANALC introduce una nueva y diferente obligación para las partes.