We analyzed temporal variation of morphology-based functional groups of phytoplankton (MBFG) in the Ayapel floodplain system, through the comparison of two previous samplings carried out between 2005 and 2007 and a new one made in 2015. The biovolume (mm3.l-1) and morphological features such as volume, surface area: volume ratio (S/V) and maximum linear dimension (MLD) were performed. Temporal analysis was carried out according to pluvial precipitation levels, and by means of a grouping analysis two previous periods (dry season and transition period) and a new one corresponding to 2015 (msENSO: dry season with ENSO influence) were defined. In the dry and transition seasons, the predominant group was GFBM III with high MLD (108.77 μm) and S/V ratios (1.44 μm), while in msENSO low biovolumes (0.016 mm3.l-1) and the predominance of GFBM V were observed. The comparison of functional morphology between years showed a transition from filamentous forms to flagellated forms of phytoplankton, allowing a better fit to the environmental pressure of the study area.Analizamos la variación temporal de los grupos funcionales basados en la morfología del fitoplancton (GFBM) en el sistema inundable de Ayapel a través de la comparación de dos muestreos previos realizados entre los 2005 y  2007 y uno nuevo hecho en el 2015. Se estimó el biovolumen (mm3.l-1) y los rasgos morfológicos como volumen, relación superficie/volumen (S/V) y dimensión linear máxima (DLM). El análisis temporal fue realizado acorde con los niveles de precipitación pluvial, y mediante un análisis de agrupamiento se definieron dos períodos previos (época seca y época de transición) y uno nuevo correspondiente al año 2015 (msENSO: época seca con influencia ENSO). En las épocas seca y de transición, el grupo predominante fue el GFBM III con altas DLM (108.77 µm) y relaciones S/V (1.44 µm), mientras que en el msENSO se observaron bajos biovolumenes (0.016 mm3.l-1) y la predominancia del GFBM V. La comparación de la morfología funcional entre los años evidenció la transición de formas filamentosas a formas flageladas del fitoplancton, permitiéndole un mejor ajuste ante las presiones ambientales del área de estudio.