We assessed the morphological variation of Heterophrynus boterorum in relation to its distribution, by comparing populations of the eastern and western slopes of the Central mountain range and a population of the Eastern Andes, in the departments of Tolima and Quindío, Colombia. Populations located in both slopes and mountain range were compared using univariate and multivariate statistical techniques (ACP, ANOVA, Kruskal-Wallis). Variation among populations was found in 15 out of 33 morphological characters examined. The greatest variation was in the size of palps, number of spines and tubers. The population of the municipality of Lérida differed notably from those of other populations in the analysis. The rest of the populations formed a morphological group with wide variability, particularly in size. Heterophrynus boterorum could be considered as a model species for studying the effect of the environmental and altitudinal gradient of the Andes in the morphological diversification of Amblypygi.Se evaluó la variación morfológica de Heterophrynus boterorum con relación a su distribución geográfica, comparando poblaciones de la vertiente oriental y occidental de la cordillera Central y una población de la cordillera Oriental de los Andes, en los departamentos de Tolima y Quindío, Colombia. Mediante técnicas de estadística univariada y multivariada, (ACP, ANOVA y Kruskal-Wallis), se compararon poblaciones presentes en municipios de ambas vertientes y cordilleras. Se encontró variación entre poblaciones en 15 de 33 caracteres morfológicos examinados. La mayor variación se encontró en el tamaño de palpos, número de espinas y tubérculos. La población del municipio de Lérida se diferenció notablemente de las demás poblaciones del análisis. El resto de poblaciones formaron un grupo morfológico con amplia variabilidad, principalmente en tamaño. Heterophrynus boterorum podría considerarse como modelo de estudio para el efecto del gradiente ambiental y altitudinal de los Andes en la diversificación morfológica de los Amblypygi.