La infección por el VIH afecta la integridad del funcionamiento del sistema inmune con repercusiones en la arquitectura composicional de la microbiota intestinal. En el presente trabajo se realizó un estudio observacional y transversal para evaluar los cambios en la microbiota intestinal de individuos infectados con VIH de la ciudad de Barranquilla, Colombia. Se analizaron 60 individuos por medio de secuenciación de la porción v3-v4 del gen rRNA 16S, y se cuantificó el número de copias de los genes bacterianos Butiril-CoA acetato-CoA-transferasa (but) y butirato kinasa (buk), relacionados con la producción de butirato, por PCR en tiempo real (q-PCR); 30 controles y 30 pacientes infectados; se tuvo en cuenta que los sujetos compartieran los mismos rangos de edad, estatus socioeconómico e índice de masa corporal. Dada su naturaleza composicional, los datos provenientes de la secuenciación fueron normalizados usando Aitchison’s Centered Log-Ratio. De forma general, se lograron identificar cambios en la estructura de redes de correlación en los pacientes infectados con VIH con respecto a los controles sanos, proporcionada por la herramienta SPIECEASI MB. Géneros tales como Prevotella, Ruminococcaceae, Bacteroides, fueron relevantes en el grupo de individuos infectados con VIH. Al realizar un análisis discriminatorio de mínimos cuadrados parciales encontramos marcadores diferenciales representados por los integrantes de las familias Erysipelotrichaceae y Lachnospiraceae y los géneros Catenibacterium, Roseburia, Dorea. Todos ellos se caracterizan por producir ácidos grasos de cadena corta (AGC).