Objetivo. La giardiasis es un problema de salud pública que afecta especialmente a los niños que habitan en países en vías de desarrollo y que pertenecen a comunidades donde el saneamiento es deficiente. Giardia intestinalis es el parásito que causa esta enfermedad y presenta una gran variabilidad genética que se traduce en 8 diferentes grupos o ensamblajes genéticos nombrados de la letra A a la H. En humanos, todas las infecciones con Giardia son causadas por parásitos con ensamblaje A o B, los cuales tienen potencial zoonótico y han sido aislados de otros mamíferos. El objetivo de este estudio fue genotipificar muestras de Giardia aisladas de pacientes de tres regiones geográficas de Colombia. Materiales y métodos. Se examinaron 22 aislados de G. intestinalis, los primeros descritos cultivados axénicamente de origen colombiano, por medio del análisis del polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP), del gen glutamato deshidrogenasa (gdh). Resultados y conclusión. El patrón del RFLP mostró que todos los aislados pertenecían al ensamblaje A, específicamente al AI, resultado que fue confirmado por secuenciación. Con este estudio se pretende contribuir al conocimiento de los genotipos circulantes de Giardia intestinalis en Colombia.