El presente trabajo es un análisis de derecho comparado de las modificaciones en la función judicial dadas en Colombia y El Salvador como consecuencia de los procesos de paz suscritos por aquellos países con las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia FARC-EP (2016) y el Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional FMLN (1992), respectivamente, desde la firma de los acuerdos hasta las primeras elecciones presidenciales y legislativas llevadas a cabo en ambas naciones. Para desarrollar el tema, fue necesario hacer una aproximación al concepto de justicia, describir los hechos que dieron origen a las negociaciones y acuerdos de paz para explicar las razones de efectuar la comparación de ambas estructuras jurídicas, de igual manera se definió el concepto de justicia transicional, sus características y clasificaciones, entrando a efectuar un comparativo sobre las modificaciones en materia de justicia en El Salvador y Colombia. El estudio anterior, demostró que el estado debe garantizar, entre otras cosas, la paz en el territorio a través de la justicia transicional y el rediseño de instituciones administrativas y jurídicas, pero, además, determinó la importancia del Estado de Derecho y de herramientas efectivas de la legislación interna para proteger los derechos a las víctimas de la guerra.