El Aeropuerto Internacional El Dorado de la ciudad de Bogotá, actualmente evidencia un incremento de la demanda en términos de pasajeros y números de vuelos, el cual ha sido de alrededor del 45% en los últimos años. El principal resultado de este incremento ha sido la saturación del sistema pistas, razón por la cual se plantea la búsqueda de alternativas que logren satisfacer esa demanda, entre esas, la construcción de un nuevo aeropuerto llamado “El Dorado II”. Dadas las particularidades en términos de impacto ambiental y la afectación a diferentes comunidades humanas es necesario un proceso de licenciamiento ambiental, buscando múltiples alternativas que consigan mitigar o evitar en su mayoría los impactos ambientales negativos para el medio ambiente que del mismo desprendan. La presente investigación tiene como objetivo proponer lineamientos para mitigar el impacto ambiental del proyecto Aeroportuario El Dorado II en su fase 1 tomando en cuenta el Plan de Ordenamiento Territorial (POT) de los municipios de Facatativá y Madrid dado el nivel de afectación que sufrirían por este proyecto. Estos lineamientos se desarrollaron a partir de la identificación de los principales impactos ambientales sobre el medio físico, biótico, social y económico que permitió generar una comparación entre estos y los instrumentos de ordenamiento territorial de ambos municipios para posteriormente realizar un análisis DOFA que permitió establecer los lineamientos de mitigación de los impactos ambientales producidos por el proyecto. Se concluye que este trabajo permitió establecer un acercamiento ente la normativa de la gestión territorial nacional a través de los instrumentos de ordenamiento territorial (POT) con los documentos exigidos por la agencia nacional de licencias ambientales y la agencia nacional de infraestructura para el proceso formal de licenciamiento, así mismo, este permitió generar un análisis académico de un proceso completamente técnico, lo que fortalece e invita a la generación de trabajos de investigación similares a este en cualquier campo de las ciencias naturales.