En el presente trabajo se evaluó el efecto del tamaño de la muestra, sobre la estimación de la estructura y diversidad de la comunidad bacteriana. Se seleccionaron tres tamaños de muestra (0,25-0.5 y 5 gramos de suelo) provenientes de bosque Llanos, Amazonas y Valle del Cauca. Se realizaron dos extracciones de ADN metagenómico (replica 1 y 2), se cuantifico y se evaluó la calidad del ADN, luego para verificar la calidad del ADN extraído se realizo PCR, y posteriormente se realizó la técnica de huella genética RISA (del inglés Ribosomal Intergenic SpacerAnalysis) (2 repeticiones). El análisis genético de las comunidades estudiadas reveló una alta diversidad bacteriana en el suelo de Bosque Valle del Cauca, determinada por el gran número de bandas detectadas por RISA. El análisis de MDS (Multidimensional Scaling) evidenció cambios significativos en la estructura de las comunidades asociadas. Por otro lado las diferencias encontradas entre los tamaños de muestra dependen del suelo empleado, encontrando que la estructura y diversidad de las comunidades bacterianas del Bosque Amazonas se vió menos afectada por cambios en el tamaño de muestra empleado.