La caracterización de los recursos fitogenéticos, nos ayudan a medir y conocer la variabilidad genética de una población para seleccionar descriptores morfológicos que permitan discriminar caracteres entre plantas evaluadas. El objetivo de este estudio fue determinar la diversidad genética de la colección de algodón Gossypium spp. , colectada en la costa de Ecuador, mediante la aplicación de descriptores morfo-agronómicos. Esta investigación se la realizó en la colección de algodón conservada ex situ, conformada por 36 accesiones, ubicada en la Estación Experimental Portoviejo del INIAP, en Santa Ana, Manabí-Ecuador y . Se utilizaron descriptores morfológicos desarrollados para el género Gossypium, propuestos por el International Board for Plant Genetic Resourses IBPGR y la Unión Internacional para la Protección de las Obtenciones Vegetales UPOV. Para obtener estimaciones de variabilidad genética, se utilizaron descriptores de planta, rama, hoja, fruto, semilla, fibra y se determinó en base a parámetros como desviación estándar y porcentaje de coeficiente de variación. Para el análisis estadístico, se empleó el software estadístico R. .