En el mercado internacional del cacao se comercializan dos tipos de cacao: finos y ordinarios. Los primeros representan el 4% de la producción mundial y constituyen un ingrediente valioso, ya sea solo o formando parte de mezclas con cacao ordinario para la manufactura de chocolates negros, gourmet y otras especialidades. El cacao ordinario es la materia prima básica para el procesamiento de licor, polvo y manteca de cacao utilizado en la fabricación de una amplia gama de confitería masiva con sabor a chocolate. El claro representante del cacao ordinario, es aquel proveniente de Ghana, segundo productor mundial de cacao. Las almendras de este origen en general reciben un buen tratamiento post cosecha y son utilizadas como el estándar mundial al momento de negociar y fijar precios para otros orígenes de cacao, particularmente de los llamados cacaos finos. Pero la incertidumbre y desconfianza entre los operadores internacionales sobre el origen de los cacaos finos que se ofertan en el mercado, así como la falta de herramientas objetivas para su certificación y adecuada diferenciación perturba su debida valorización. Así tanto productores como manufactureros, corren el riesgo de sentirse insatisfechos por la percepción de que han recibido un precio injusto o que han sobrepagado por un origen que a lo mejor no es tal. El Ecuador con su variedad Nacional es el primer productor mundial de cacao fino y por lo tanto es el más afectado por esta problemática de valoración insuficiente de su producto. Por otro lado, el aumento continuado de la superficie sembrada con el clon CCN-51 estimulada por su alta productividad, esta contribuyendo a acentuar este tipo de percepciones en el sector consumidor, alentadas por la detección de mezclas de Cacao Nacional y CCN-51, reportadas en lotes de exportación contratado como cacao Nacional. La investigación que se describe a continuación tiene como propósito hacer una contribución a la solución de la situación descrita, dotando al sector de una herramienta basada en la relación de los contenidos de teobromina y cafeína que permita la separación de ambos genotipos de cacao y a su vez éstos del origen Ghana.