In the present study, aerobic and anaerobic composting systems under the action of efficient and native microorganisms were evaluated. It was developed at the Experimental Farm of the Equinoctial Technological University, School of Agricultural Engineering Campus Arturo Ruiz Mora in Santo Domingo, located at the kilometer 4 1⁄2 route Santo Domingo - Chone, right margin at a latitude of 000 14’ S, and a length of 790 11’ W, in order to identify the best composting system for organic waste from the agro-industrial plant, and also to establish the action of the microorganisms in each composting system and analyze the obtained products and by-products; determining that the aerobic system performed the process in a shorter time compared to the anaerobic system, the action was similar for the native and the efficient microorganisms, the leachates generated possess quantities of nutrients and microorganisms and it is therefore essential its handling to avoid contamination.Se evaluó los sistemas de compostaje aeróbico y anaeróbico bajo la acción de microorganismos eficientes y autóctonos. Se desarrolló en la Granja Experimental de la Universidad Tecnológica Equinoccial, Escuela de Ingeniería Agropecuaria Campus Santo Domingo Arturo Ruiz Mora, ubicado km 41/2vía Santo Domingo - Chone, margen derecho en una Latitud de 000 14’ S, y una Longitud de 790 11W, con el fin de identificar el mejor sistema de compostaje para desechos orgánicos de la planta agroindustrial, a más de establecer la acción de los microorganismos en cada sistema de compostaje y analizar los productos y subproductos obtenidos; determinando que el sistema aeróbico es el que en menor tiempo realizó el proceso frente al anaeróbico, la acción de los microorganismos fue similar para los autóctonos y los eficientes, los lixiviados generados poseen cantidades de nutrientes y microorganismos por lo que resulta indispensable su manejo para evitar contaminación.