Esta investigación se realizó en Ecuador, cantón Cuenca, provincia del Azuay. Las quebradas, objeto de estudio, fueron Gal Gal y Coles, ubicadas en la Subcuenca del Río Yanuncay, área de aporte a la captación de agua potable de Sústag, en donde se han identificado actividades antrópicas que están alterando el ecosistema. A esto se suma el desconocimiento de los ecosistemas frágiles, la escasa o nula existencia de los bosques de ribera. Se seleccionaron dos microcuencas y se evaluó la calidad del agua a través de análisis físico - químico y bacteriológico, y la calidad ecológica de las quebradas (Calidad Hidromorfológica y Calidad Biológica). En cada microcuenca se seleccionaron cuatro puntos de monitoreo: en la naciente, antes de la junta con el río principal, río principal antes de la junta con la quebrada en estudio, y río principal después de la junta con la quebrada en estudio. Las muestras se recolectaron durante un año hidrológico. Los pasos metodológicos implicaron seleccionar dos microcuencas prioritarias, y realizar una comparación entre las quebradas para determinar el estado de conservación en base a los indicadores antes mencionados. El análisis estadístico demostró que después de realizado una comparación entre las quebradas de estudio, el parámetro coliformes fecales es el más significativo (diferente), con respecto a los otros parámetros, es decir que el agua de las dos microcuencas no tiene iguales características con respecto a la presencia de bacterias del tipo coliforme. El Índice de Calidad del Agua de las quebradas, se encuentra dentro de la categoría Excelente y Buena, ya que las actividades antrópicas presentes en estas microcuencas todavía no son tan impactantes como para afectar al valor del índice. En cuanto a la Calidad Ecológica la quebrada Coles se encuentra dentro de la categoría Buena y la quebrada Gal Gal se encuentra dentro de la categoría Moderada, por lo que se debe tomar acciones para mejorar el estado de conservación de esta quebrada y de esta forma frenar los procesos de alteración (actividades antrópicas).Magíster en Gestión Ambiental