Genetic variation is a key determinant that supports the evolution of every living being, demonstrating survival characteristics, as is the case of Klebsiella pneumoniae, which is an important pathogen whose epidemiology has been widely studied, the most used techniques for identification are biochemical since it is impossible to differentiate genetic variation between subgenera, molecular tools have proven useful to diagnose, characterize, typify and quantify etiological agents. In the present investigation, profiles of genetic bands of Klebsiella oxytoca and pneumoniae belonging to agricultural products and irrigation waters have been determined by means of the PCR technique, which allowed the intraspecific genotypic differentiation of bacteria. A bioinformatic analysis carried out to select the initiator, followed by PCR. As a result, amplifications with totally different patterns were obtained in Klebsiella oxytoca as well as Klebsiella pneumoniae, individually they presented totally different molecular weights, Klebsiella oxytoca presented its standard band of the isolates with an amplification of 660bp. Klebsiella pneumoniae, its pattern band was presented with a repetitive 1300bp amplification. This study reveals that it is not enough just to identify with everyday methods such as biochemistry, bristling tests with molecular techniques that help identify the genotype of the bacterium.La variación genética es un determinante clave que sustenta la evolución de todo ser vivo demostrando características de supervivencia, como es el caso de Klebsiella que es un importante patógeno cuya epidemiología ha sido ampliamente estudiada, las técnicas más usadas para la identificación son bioquímicas, las misma que es imposible diferenciar variación genética entre subgéneros , las herramientas moleculares han demostrado utilidad para diagnosticar, caracterizar, tipificar y cuantificar los agentes etiológicos. Se realizó un estudio descriptivo no experimental, constituida por catorce cepas de Klebsiella aisladas de productos agrícolas y aguas de riego de la provincia de Chimborazo, de las cuales 7 son Klebsiella oxytoca y 7 Klebsiella pneumoniae con el objetivo de determinados perfiles de bandas genéticas mediante la técnica de PCR, la misma que permitió la diferenciación genotípica intraespecífica de las bacterias. Se procedió a realizar un análisis bioinformático para la selección del iniciador, posteriormente la realización de la PCR. Como resultado se obtuvo amplificaciones con los patrones totalmente diferentes en Klebsiella oxytoca y Klebsiella pneumoniae. El agente bacteriano Klebsiella pneumoniae, mostro cuatro cepas con igual patrón de bandas y tres cepas con perfiles distintos, Klebsiella oxytoca por su parte presento cuatro cepas bacterianas con perfiles de bandas idénticas y tres cepas con perfil de bandas distintas. Este estudio revela que no basta con solo identificar con métodos cotidianos como es la bioquímica, sino realizar ensayos con técnicas moleculares que ayuden a identificar el genotipo de la bacteria.UNACH,Ecuador