El “guanchiche” (Hoplias spp.), es uno de los depredadores más importantes en ecosistemas dulceacuícolas en Latinoamérica y tiene una distribución muy amplia encontrándose desde Costa Rica hasta Argentina. En el Ecuador se aprovecha principalmente como fuente de proteína en las áreas rurales y se registran dos especies: Hoplias microlepis en el suroccidente y Hoplias malabaricus en el noroccidente y en el Oriente. Estas especies suelen ser confundidas debido a su parecido morfológico lo cual ha causado problemas de identificación en diversas zonas de América del Sur. Existen pocos estudios de diversidad de especies a nivel molecular en el país pese a los problemas ambientales promovidos por las actividades antropogénicas, que alteran de forma considerable los diversos ecosistemas. En el presente estudio se realizó un análisis a nivel molecular usando secuencias de los genes ATPasa y Región de Control del ADN mitocondrial para determinar las relaciones evolutivas de las poblaciones de Hoplias spp. en la región occidental del Ecuador. Los resultados muestran que las poblaciones de H. microlepis se encuentran ampliamente distribuidas a lo largo de la costa, desde la provincia de El Oro hasta la provincia de Esmeraldas, confirmando además la presencia de Hoplias malabaricus en el Oriente. Se encontró una tercera especie del género Hoplias no identificada, ubicada en la cuenca Santiago-Cayapas, provincia de Esmeraldas siendo morfológicamente similar a H. malabaricus pero genéticamente diferente de H. microlepis y H. malabaricus del Oriente. H. microlepis, presenta poblaciones genéticamente estructuradas en relación al sistema hidrográfico al que pertenece y la distancia de separación geográfica entre las poblaciones. Las poblaciones de H. microlepis que habitan en los ríos tienden a presentar alta diversidad genética (≥0,76) debido a la mayor cantidad de flujo genético que existe en comparación con aquellas que habitan en represas (≈0,50), donde el flujo genético es más restringido. La información obtenida de esta tesis servirá como base para estudios sobre la estructura poblacional de otras especies en la región Costa, aportando además con importantes datos relacionados a los recursos genéticos del Ecuador.