La mayoría de las producciones lecheras en el Ecuador, desechan sin tratamiento los residuos orgánicos generados, causando contaminación ambiental y diseminación de agentes patógenos, entre ellos bacterias resistentes a antimicrobianos como la E. coli. La cual es el organismo modelo de enterobacterias, además causa la mayor parte de infecciones adquiridas en la comunidad, especialmente infecciones del tracto urinario. Una alternativa para limitar esta contaminación es la biodigestión, que permite obtener biol, el cual puede ser empleado como fertilizante, a partir de residuos orgánicos. Sin embargo, la interacción de E. coli resistente a cefalosporinas de tercera generación (C3G), en el proceso es incierta. Por lo tanto, se cuantificó la carga bacteriana, se testeó la resistencia a antimicrobianos y se genotipificó las bacterias E. coli C3G al inicio (SP1), durante (SP2) y después (SP3) del proceso de biodigestión. Los resultados indican que el proceso de biodigestión reduce alrededor del 99% de E. coli C3G, sin embargo, el 1% de las E. coli C3G que resistieron el proceso de biodigestión presentan también multirresistencia al 50% de antimicrobianos testeados. Además, el gen de resistencia a C3G de mayor prevalencia fue el blaCTX-M-2. En consecuencia, a pesar que el proceso de biodigestión reduce las E. coli C3G de los residuos orgánicos generados en una hacienda lechera, las que resisten, son un riesgo, ya que poseen componentes genéticos que les permiten resistir a otros antimicrobianos que se también se usan humanos, comprometiendo la salud pública.