The pygmy marmoset (Callithrix pygmaea) is one of the most specialized Ecuadorian pri­mate species. Its high specialization in habitat and diet, and the increase of human activities in the Amazon region may cause pygmy marmosets to go through population bottle necks, losing genetic diversity. To estimate the magnitude of this threat, since 2008 we carried out a pilot study for evaluating the genetic diversity of four wild groups of this species in a population located on the margins of the Aguarico river. For the genetic analyses we used 50 fecal samples collected from September 2008 to February 2009; 50% of the samples belonged to group P4, groups P1, P2 and P5 provided the remaining 50%. We extracted DNA from the feces using the QLAamp DNA Stool Mini Kit (QIAGEN). With PCR we amplified 9 microsatellite primers reported for a related species of Callitrichinae. DNA bands were visualized in polyacrylamide (6 %) and urea (5M) gels. Statistical analyses we­re carried out with GenAlEx 6 software. Three to eight alleles were found per locus. The Hardy-Weinberg equilibrium test suggested that inbreeding may be occurring in group P4. Expected heterocigocity in groups P1 and P2 is 0.5, while in group P4 ranges from 05. to 0.836. Nei"™s genetic distance between groups P1 and P2 is 1.211, whereas group P4 differs 0.612 and 0.485 from groups P2 and P1, respectively. This is the first study of this type for this species in Ecuador and elsewhere, the results point out the need to evaluate human impact on the genetic diversity of Ecuadorian species.El leoncillo (Callithrix pygmaea) es uno de los primates ecuatorianos con mayor grado de especialización de hábitat y de dieta. Esta alta especialización y la intensificación de las actividades humanas en la Amazonia ecuatoriana podrían causar que las poblaciones del leoncillo atraviesen por cuellos de botella y pierdan su diversidad genética. Con el fin de estimar la magnitud de esta amenaza, desde el año 2008, se realizó un estudio piloto para evaluar el nivel de variabilidad genética de cuatro grupos de esta especie de una población a orillas del rio Aguarico. Para la realización del análisis genético se utilizó un total de 50 muestras de heces, colectadas durante el periodo de septiembre 2008 y febrero 2009; el 50% de las muestras correspondió al grupo P4, los grupos P1, P2 y P5 aportaron con el restante 50%. A partir de estas muestras se extrajo ADN con el kit QIAamp DNA Stool Mini Kit (QIAGEN). Mediante la técnica de PCR se amplificaron nueve primers de mi­crosatélites reportados para otra especie de Callitrichinae. La visualización de bandas se realizó en geles denaturantes de poliacrilamida al 6% y Urea 5M. El análisis estadístico fue realizado con el programa GenAlEx 6. Los resultados obtenidos muestran que existen de 3 a 8 alelos/locus, la prueba de equilibrio Hardy-Weinberg sugiere que en el grupo P4 puede estar sucediendo endogamia, la heterocigocidad esperada en los grupos P1 y P2 tiene valores de 0.5, mientras que los valores del grupo P4 varían de 0.5 a 0.836. La distancia genética de Nei entre los grupos P1 y P2 es de 1.211, mientras que el grupo P4 difiere 0.612 y 0.485 con respecto de los grupos P2 y P1. Este estudio es pionero en este campo y evidencia la necesidad de continuar con investigaciones para evaluar el impacto humano sobre la diversidad genética en esta y otras especies ecuatorianas.