Babahoyo es un cantón eminentemente agrícola, pues posee amplios sistemas fluviales que cruzan por su territorio, así mismo tiene especialmente suelos aluviales enriquecidos por los sedimentos que en cada temporada lluviosa sus caudalosos ríos los enriquecen. Estas características sumadas a una temperatura y luminosidad adecuada han permitido que se desarrollen una gama amplia de cultivos de ciclo corto como perennes como: arroz, maíz, soya, Cacao, Banano, hortalizas, etc. Pero el desarrollo agrícola alcanzado en el cantón Babahoyo, también ha ocasionado una erosión de los recursos naturales causados por el uso indiscriminado de pesticidas químicos, por el desconocimiento del daño que se ocasiona en los recursos naturales y por qué la Ley que regula el comercio, distribución y uso de pesticidas no es aplicada a ningún sector. Por ejemplo es común ver en las áreas rurales del cantón Babahoyo como tractores agrícolas llegan a esteros e irresponsablemente y violando la Ley, descargan los residuos químicos en los esteros ocasionando muerte y destrucción de la vida acuática macro y microbiológica.